More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3986 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
320 aa  640    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.65 
 
 
315 aa  457  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  64.4 
 
 
317 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.58 
 
 
319 aa  394  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.7 
 
 
322 aa  388  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.26 
 
 
322 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  64.33 
 
 
323 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.55 
 
 
321 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.8 
 
 
320 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  61.71 
 
 
318 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.67 
 
 
319 aa  381  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.46 
 
 
313 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.27 
 
 
315 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.63 
 
 
320 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  58.75 
 
 
326 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  59.38 
 
 
326 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  53.44 
 
 
508 aa  349  3e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.17 
 
 
324 aa  340  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.7 
 
 
320 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.23 
 
 
341 aa  331  1e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.19 
 
 
309 aa  328  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  54.11 
 
 
309 aa  326  3e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  49.69 
 
 
321 aa  325  5e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  50.92 
 
 
323 aa  325  7e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.49 
 
 
309 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.48 
 
 
320 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  53.55 
 
 
309 aa  310  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.01 
 
 
293 aa  306  3e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.7 
 
 
328 aa  306  3e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  54.4 
 
 
306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.25 
 
 
506 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 
302 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.37 
 
 
313 aa  293  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.62 
 
 
321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 
338 aa  280  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  49.84 
 
 
324 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.52 
 
 
318 aa  267  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 
314 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.92 
 
 
323 aa  261  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  46.01 
 
 
321 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.01 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.01 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.01 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.01 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.69 
 
 
321 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.69 
 
 
321 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.52 
 
 
321 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  39.13 
 
 
318 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  38.51 
 
 
318 aa  246  4e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.69 
 
 
320 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.06 
 
 
318 aa  241  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.62 
 
 
320 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  44.76 
 
 
332 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  45.08 
 
 
318 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.89 
 
 
321 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.89 
 
 
321 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.59 
 
 
321 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.62 
 
 
321 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.54 
 
 
307 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  38.49 
 
 
320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.78 
 
 
321 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  35.43 
 
 
307 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
307 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
307 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
307 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
285 aa  165  9e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 
311 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
318 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  38.1 
 
 
289 aa  150  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  37.88 
 
 
290 aa  142  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
287 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
349 aa  136  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
310 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
285 aa  123  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
321 aa  123  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
310 aa  122  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
333 aa  117  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.47 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.47 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.05 
 
 
298 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
320 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.71 
 
 
346 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
327 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
343 aa  102  7e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
331 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.44 
 
 
331 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.44 
 
 
331 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.44 
 
 
331 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
329 aa  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000513582  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
307 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
287 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.78 
 
 
318 aa  99.4  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
352 aa  97.8  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
334 aa  97.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1545  glycosyl transferase group 1  58.82 
 
 
339 aa  96.3  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0675675 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
411 aa  95.9  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
325 aa  94.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>