More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2588 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 321 aa  659    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.13 
 
 		 338 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.78 
 
 		 293 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.83 
 
 		 322 aa  296  3e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.91 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.56 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.86 
 
 		 322 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.85 
 
 		 309 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.2 
 
 		 309 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.62 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.28 
 
 		 319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  45.4 
 
 		 318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.48 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  44.65 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  45.54 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  45.76 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.35 
 
 		 321 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.18 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.55 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.2 
 
 		 320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.62 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  44.09 
 
 		 317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.6 
 
 		 323 aa  265  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.72 
 
 		 313 aa  264  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.05 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  40.63 
 
 		 318 aa  259  6e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.4 
 
 		 508 aa  258  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  41.46 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 		 320 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  39.37 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  44.37 
 
 		 324 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  42.68 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.36 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.09 
 
 		 321 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.61 
 
 		 321 aa  249  6e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.43 
 
 		 320 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 		 318 aa  248  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  44.27 
 
 		 326 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.68 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  39.87 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.31 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.31 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 		 321 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.4 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  41.27 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.51 
 
 		 341 aa  241  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  41.91 
 
 		 320 aa  238  8e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.62 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  39.87 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.32 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.32 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.32 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.32 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.32 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  38.01 
 
 		 321 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  37.15 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.32 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 		 506 aa  226  6e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.4 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  27.42 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 		 349 aa  150  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  35.37 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 		 321 aa  135  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.29 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  34.69 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 		 311 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.56 
 
 		 357 aa  112  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.17 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 		 313 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.29 
 
 		 354 aa  106  6e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  26.55 
 
 		 339 aa  105  7e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.74 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  29.69 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.97 
 
 		 349 aa  103  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.36 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000370368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.23 
 
 		 350 aa  102  7e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.57 
 
 		 358 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.08 
 
 		 354 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.91 
 
 		 318 aa  102  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.76 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.7 
 
 		 346 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.47 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.337575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>