More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3611 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
350 aa  729    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.44 
 
 
354 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.29 
 
 
341 aa  558  1e-158  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000370368  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.29 
 
 
349 aa  555  1e-157  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.16 
 
 
355 aa  553  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1511  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.37 
 
 
351 aa  554  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0516  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.35 
 
 
349 aa  548  1e-155  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.06 
 
 
349 aa  550  1e-155  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1758  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.06 
 
 
355 aa  545  1e-154  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0506683 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.85 
 
 
350 aa  544  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.49 
 
 
345 aa  542  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.13 
 
 
357 aa  544  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2895  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.5 
 
 
351 aa  539  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.105937 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.71 
 
 
354 aa  529  1e-149  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13118  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.25 
 
 
350 aa  526  1e-148  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.399683  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3391  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.57 
 
 
354 aa  522  1e-147  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.478209  normal  0.0989265 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0354  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.32 
 
 
348 aa  520  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5840  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.09 
 
 
352 aa  517  1.0000000000000001e-145  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.481427 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0216  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.82 
 
 
330 aa  479  1e-134  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.240285  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.64 
 
 
359 aa  433  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.87 
 
 
363 aa  425  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.71 
 
 
357 aa  422  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.77 
 
 
358 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.87 
 
 
358 aa  414  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.81 
 
 
355 aa  410  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
356 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.78 
 
 
362 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.47 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.23 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  55.68 
 
 
361 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.12 
 
 
361 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  55.68 
 
 
361 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.12 
 
 
361 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.12 
 
 
361 aa  402  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.57 
 
 
361 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.29 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.29 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.29 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.29 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.37 
 
 
358 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.24 
 
 
358 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.29 
 
 
361 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
354 aa  400  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.43 
 
 
358 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.8 
 
 
358 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.99 
 
 
365 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.7 
 
 
357 aa  395  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.68 
 
 
354 aa  397  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.52 
 
 
357 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.78 
 
 
360 aa  394  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.89 
 
 
353 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.22 
 
 
371 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
354 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  56.05 
 
 
352 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.72 
 
 
352 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.78 
 
 
362 aa  391  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.56 
 
 
353 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.46 
 
 
360 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
355 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.01 
 
 
355 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
362 aa  385  1e-106  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
355 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.24 
 
 
356 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
355 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  54.73 
 
 
355 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.65 
 
 
337 aa  385  1e-106  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.18378  hitchhiker  0.0000000578516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.91 
 
 
363 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.67 
 
 
351 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.05 
 
 
350 aa  384  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.67 
 
 
345 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1183  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.26 
 
 
351 aa  381  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.769877  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  54.07 
 
 
363 aa  382  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.39 
 
 
359 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.6 
 
 
360 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.56 
 
 
365 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.34 
 
 
352 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.28 
 
 
356 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.6 
 
 
360 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.2 
 
 
358 aa  383  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.2 
 
 
352 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.73 
 
 
355 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  52.94 
 
 
359 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
355 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
355 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
353 aa  382  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  54.07 
 
 
363 aa  382  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.62 
 
 
351 aa  383  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.39 
 
 
359 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
355 aa  384  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.55 
 
 
362 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.06 
 
 
350 aa  380  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 
360 aa  380  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.5 
 
 
356 aa  379  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.46 
 
 
353 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.86 
 
 
346 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2711  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.04 
 
 
356 aa  381  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.41 
 
 
367 aa  380  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.33 
 
 
355 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.68 
 
 
353 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  52.66 
 
 
359 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>