More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1874 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 320 aa  643    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.7 
 
 		 321 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.19 
 
 		 315 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  58.41 
 
 		 318 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  59.62 
 
 		 317 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.15 
 
 		 322 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.8 
 
 		 320 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.74 
 
 		 319 aa  363  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.49 
 
 		 319 aa  361  7.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  57.28 
 
 		 326 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.2 
 
 		 320 aa  359  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.96 
 
 		 322 aa  357  9.999999999999999e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  60.06 
 
 		 323 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.23 
 
 		 313 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.37 
 
 		 315 aa  336  3.9999999999999995e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  54.92 
 
 		 326 aa  335  5e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  51.09 
 
 		 323 aa  328  5.0000000000000004e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  47.78 
 
 		 508 aa  324  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.94 
 
 		 341 aa  309  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.22 
 
 		 324 aa  305  8.000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  46.01 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  48.41 
 
 		 309 aa  299  5e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45 
 
 		 320 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.65 
 
 		 320 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.88 
 
 		 309 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.37 
 
 		 506 aa  288  8e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  50 
 
 		 306 aa  288  9e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.81 
 
 		 293 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.05 
 
 		 328 aa  287  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.88 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.27 
 
 		 302 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  48.25 
 
 		 309 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.98 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.06 
 
 		 338 aa  278  8e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 		 314 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.2 
 
 		 321 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.63 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  47.59 
 
 		 324 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.45 
 
 		 323 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.78 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.13 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.91 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.17 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.17 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.44 
 
 		 321 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  44.86 
 
 		 321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.86 
 
 		 321 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.86 
 
 		 321 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.86 
 
 		 321 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.86 
 
 		 321 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  44.65 
 
 		 318 aa  231  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  37.11 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  37.11 
 
 		 318 aa  228  9e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 		 321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  41.88 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  36.93 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  32.78 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.91 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 		 285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.25 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  36.93 
 
 		 289 aa  149  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  37.02 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.94 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 		 333 aa  102  7e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 		 320 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.86 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.81 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1545  glycosyl transferase group 1  56.86 
 
 		 339 aa  99.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0675675 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.89 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.41 
 
 		 357 aa  98.6  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 		 323 aa  96.3  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 		 325 aa  93.6  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 		 320 aa  92.8  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 		 322 aa  92  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.12 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>