More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1335 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 338 aa  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.13 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.53 
 
 		 293 aa  344  2e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 319 aa  300  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  49.69 
 
 		 306 aa  295  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  47.26 
 
 		 318 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.97 
 
 		 322 aa  289  4e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.55 
 
 		 321 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  47.24 
 
 		 317 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.15 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.99 
 
 		 315 aa  279  4e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.06 
 
 		 320 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.01 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 		 328 aa  276  4e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  45.09 
 
 		 309 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  45.62 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  43.77 
 
 		 321 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 		 320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.45 
 
 		 309 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.34 
 
 		 315 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.74 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  43.64 
 
 		 326 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.24 
 
 		 320 aa  258  9e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  41.3 
 
 		 323 aa  258  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  42.55 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  43.43 
 
 		 508 aa  255  6e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.37 
 
 		 309 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.42 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.6 
 
 		 320 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  43.52 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.99 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  43.64 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.85 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.99 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.57 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  41.09 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.74 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.04 
 
 		 320 aa  242  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 		 321 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.48 
 
 		 321 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.3 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  40.3 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.48 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.3 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.3 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.3 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.77 
 
 		 321 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 		 341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  39.33 
 
 		 318 aa  232  6e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  38.41 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.49 
 
 		 324 aa  229  7e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.9 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 		 506 aa  221  9e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  41.64 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.65 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  41.49 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 		 307 aa  162  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  27.65 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 		 318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  33.11 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  33.12 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.33 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 		 313 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 		 334 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 		 370 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 		 370 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.76 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.76 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 370 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.76 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.76 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 		 346 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107355  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  28.33 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.89 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 		 331 aa  97.4  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.36 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>