More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3938 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 314 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.49 
 
 		 315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.71 
 
 		 319 aa  276  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.4 
 
 		 322 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.41 
 
 		 313 aa  271  7e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 		 320 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.93 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  46.65 
 
 		 318 aa  269  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.98 
 
 		 322 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.1 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  44.55 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 		 321 aa  257  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.66 
 
 		 315 aa  256  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.13 
 
 		 321 aa  255  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  45.51 
 
 		 323 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.95 
 
 		 319 aa  255  8e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.69 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  40.19 
 
 		 321 aa  249  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.63 
 
 		 506 aa  246  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  44.74 
 
 		 306 aa  245  6e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.21 
 
 		 508 aa  244  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.49 
 
 		 320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  44.66 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.2 
 
 		 328 aa  233  3e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  39.62 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.49 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  40.59 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.11 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.49 
 
 		 341 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  37.5 
 
 		 326 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  37.82 
 
 		 326 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  34.62 
 
 		 318 aa  209  4e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.16 
 
 		 307 aa  208  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  39.43 
 
 		 324 aa  208  8e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  33.97 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  37.05 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.12 
 
 		 321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.09 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.35 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.97 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  37.22 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 		 323 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  36.56 
 
 		 321 aa  179  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.74 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.74 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.74 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.74 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.76 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.76 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  35.44 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 		 321 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.39 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  29.53 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  33.1 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  32.64 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 		 349 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  29.37 
 
 		 331 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 		 331 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  29.37 
 
 		 331 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  29.04 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  27.24 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 		 330 aa  95.9  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 		 346 aa  93.2  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 		 333 aa  90.5  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.82 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.64 
 
 		 320 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.250439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>