More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1873 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 		 306 aa  610  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.11 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.1 
 
 		 313 aa  315  5e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  52.41 
 
 		 324 aa  305  6e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.44 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.17 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.26 
 
 		 322 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.69 
 
 		 338 aa  295  9e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  51.15 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.68 
 
 		 319 aa  294  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.03 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 		 319 aa  289  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 320 aa  288  8e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.4 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  52.6 
 
 		 323 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  48.5 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  47.9 
 
 		 317 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 320 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 		 321 aa  280  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.03 
 
 		 321 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.79 
 
 		 322 aa  279  5e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  46.5 
 
 		 321 aa  278  7e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  46.73 
 
 		 323 aa  278  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.05 
 
 		 320 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  46.43 
 
 		 508 aa  275  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.19 
 
 		 313 aa  272  6e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 		 328 aa  271  7e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.49 
 
 		 318 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.35 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  47.52 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.06 
 
 		 341 aa  260  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.42 
 
 		 324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  46.93 
 
 		 326 aa  259  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.12 
 
 		 309 aa  258  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  47.57 
 
 		 318 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.42 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.42 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.42 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.42 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 		 323 aa  256  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.06 
 
 		 318 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  47.1 
 
 		 321 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.1 
 
 		 321 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.77 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  42.35 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 		 321 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  42.02 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.96 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.42 
 
 		 321 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.74 
 
 		 314 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  45.48 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.43 
 
 		 321 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.43 
 
 		 321 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.43 
 
 		 321 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  45.74 
 
 		 332 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.83 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.13 
 
 		 506 aa  219  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  37.46 
 
 		 320 aa  213  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.83 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.61 
 
 		 321 aa  189  5e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.46 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.8 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 		 285 aa  176  6e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.47 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 		 349 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.82 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.54 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  37.37 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  37.92 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  28.28 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.59 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.59 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.99 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.92 
 
 		 366 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 		 353 aa  106  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 		 330 aa  105  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 		 326 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 		 352 aa  103  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  28.67 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.64 
 
 		 333 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 		 346 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.108773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>