More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1020 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
331 aa  690    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  100 
 
 
331 aa  690    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  99.7 
 
 
331 aa  688    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  100 
 
 
331 aa  690    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.85 
 
 
328 aa  437  1e-121  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.46 
 
 
330 aa  431  1e-119  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.46 
 
 
330 aa  424  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  51.23 
 
 
329 aa  315  9e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
319 aa  311  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.32 
 
 
318 aa  309  5e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.51 
 
 
353 aa  226  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
319 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.640029 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
331 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
315 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
307 aa  112  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  27.71 
 
 
323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
308 aa  110  3e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
320 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.59 
 
 
306 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
314 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
318 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  26.3 
 
 
324 aa  106  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
321 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
293 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.24 
 
 
326 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
321 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
320 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
320 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
315 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
324 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.76 
 
 
338 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  27.54 
 
 
318 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
321 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
319 aa  99.8  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
313 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
319 aa  99.4  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  27.36 
 
 
321 aa  98.6  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
328 aa  97.4  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
346 aa  97.1  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
320 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
322 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
347 aa  94.7  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
313 aa  94  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  26.65 
 
 
323 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.46 
 
 
333 aa  93.6  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  26.99 
 
 
309 aa  93.2  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.71 
 
 
349 aa  93.2  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  26.24 
 
 
317 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  23.75 
 
 
330 aa  92.8  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
322 aa  92.8  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
321 aa  92.8  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
320 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.95 
 
 
346 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3069  UDP-galactose-4-epimerase  28.85 
 
 
339 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
347 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 
333 aa  90.1  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 
328 aa  90.5  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
321 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
320 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
347 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
328 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  25.6 
 
 
326 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
320 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  24.62 
 
 
332 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.69 
 
 
508 aa  87.8  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
315 aa  86.7  5e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
326 aa  86.7  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
324 aa  86.3  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
506 aa  85.9  9e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3049  uridine diphosphate N-acetylgalactosamine 4-epimerase  28.37 
 
 
335 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.200753  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  28.2 
 
 
339 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0776  UDP-glucose 4-epimerase  28.42 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
333 aa  84.3  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
348 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
298 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  24.7 
 
 
318 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
341 aa  84  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  27.54 
 
 
329 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.66 
 
 
336 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71224  Sterol-4-alpha-carboxylate 3-dehydrogenase, decarboxylating  27.25 
 
 
349 aa  84  0.000000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.12365 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.57 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
349 aa  84  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1718  UDP-glucose 4-epimerase  37.25 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.818272  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.63 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
327 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.7 
 
 
352 aa  82.8  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  25.82 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.39 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
309 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.82 
 
 
309 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
326 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
326 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>