More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1879 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
330 aa  680    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.55 
 
 
330 aa  590  1e-167  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.22 
 
 
328 aa  535  1e-151  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  64.46 
 
 
331 aa  424  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  64.46 
 
 
331 aa  424  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.46 
 
 
331 aa  424  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  64.46 
 
 
331 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  50.3 
 
 
329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.66 
 
 
319 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 
318 aa  278  9e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
319 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.640029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  28.57 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.13 
 
 
306 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
331 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
317 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
314 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 
315 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  26.28 
 
 
324 aa  97.8  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.11 
 
 
319 aa  95.5  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
307 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 
320 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.93 
 
 
319 aa  94.7  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.63 
 
 
322 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
298 aa  93.2  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
320 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.32 
 
 
326 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.48 
 
 
321 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  26.76 
 
 
318 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  24.31 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
346 aa  91.3  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
313 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.06 
 
 
349 aa  90.5  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
318 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
318 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 
313 aa  90.1  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
315 aa  89.7  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
322 aa  89.4  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
321 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.68 
 
 
328 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.87 
 
 
320 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.56 
 
 
318 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 
341 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
506 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.56 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.37 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.7 
 
 
508 aa  83.6  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.1 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.39 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  24.39 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.39 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.39 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.39 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.39 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.39 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.63 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  24.19 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.28 
 
 
308 aa  80.1  0.00000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
285 aa  79.7  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.63 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  24.77 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  24.26 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  22.63 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
285 aa  79  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  30 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
324 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  23.94 
 
 
323 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.6 
 
 
305 aa  75.9  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  22.32 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.75 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.72 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.49 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0260  UDP-glucose 4-epimerase  37.93 
 
 
353 aa  73.2  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115261  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.7 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0221  UDP-galactose 4-epimerase  29.55 
 
 
347 aa  70.5  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  decreased coverage  0.000600389  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.14 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  24.92 
 
 
329 aa  69.3  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
295 aa  69.3  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  24.92 
 
 
329 aa  69.3  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
295 aa  69.3  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0852  epimerase/dehydratase family protein, putative  27.54 
 
 
336 aa  68.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0164589  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
302 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.04 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71224  Sterol-4-alpha-carboxylate 3-dehydrogenase, decarboxylating  26.01 
 
 
349 aa  68.6  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.12365 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.88 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  32.26 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  23.51 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.96 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0935797  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0713  UDP-glucose 4-epimerase  29.91 
 
 
339 aa  67.4  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  25.72 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>