More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1412 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 322 aa  642    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  77.09 
 
 		 323 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.26 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.26 
 
 		 319 aa  387  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.15 
 
 		 320 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.26 
 
 		 320 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.93 
 
 		 321 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.19 
 
 		 322 aa  365  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  57.96 
 
 		 317 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  57.05 
 
 		 318 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  56.92 
 
 		 326 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.55 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.74 
 
 		 319 aa  348  5e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.41 
 
 		 320 aa  348  9e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.58 
 
 		 315 aa  345  6e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  55.97 
 
 		 326 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.63 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  53.92 
 
 		 323 aa  330  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.84 
 
 		 508 aa  318  6e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.1 
 
 		 320 aa  315  5e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.21 
 
 		 324 aa  315  7e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  47.62 
 
 		 321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.52 
 
 		 341 aa  305  7e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  51.28 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  52.26 
 
 		 306 aa  295  8e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  51.13 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.66 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.53 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.33 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.22 
 
 		 506 aa  288  6e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.86 
 
 		 321 aa  288  7e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.72 
 
 		 318 aa  285  9e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.39 
 
 		 313 aa  282  6.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  50.8 
 
 		 324 aa  277  2e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.01 
 
 		 338 aa  276  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.82 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.36 
 
 		 302 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  47.5 
 
 		 318 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.98 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 		 318 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 		 323 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.74 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 		 321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.34 
 
 		 320 aa  243  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  47.62 
 
 		 321 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 321 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.69 
 
 		 321 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.3 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  46.27 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.86 
 
 		 321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.86 
 
 		 321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  38.36 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  37.94 
 
 		 318 aa  228  8e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  37.62 
 
 		 318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.9 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.27 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.27 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.31 
 
 		 318 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  30.64 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.51 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  35.76 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.5 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  35.74 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.08 
 
 		 321 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 		 298 aa  117  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1545  glycosyl transferase group 1  57.14 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0675675 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.1 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.1 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.1 
 
 		 371 aa  106  6e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.21 
 
 		 366 aa  103  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 		 349 aa  99.4  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 		 348 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.16 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.67 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.85 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>