More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4748 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
307 aa  634    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
331 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.83 
 
 
331 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.83 
 
 
331 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.83 
 
 
331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
321 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.17 
 
 
508 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
330 aa  103  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
321 aa  99.8  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
328 aa  98.6  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
321 aa  96.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
320 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
330 aa  95.1  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
322 aa  94  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
320 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
303 aa  94  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
319 aa  93.2  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
315 aa  92.8  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.62 
 
 
326 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
321 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
324 aa  92.4  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
321 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
321 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
338 aa  90.9  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.09 
 
 
306 aa  90.9  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 
320 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  23.55 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
320 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  26.92 
 
 
309 aa  87.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
328 aa  87.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
307 aa  87.4  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
321 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 
318 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
332 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
318 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  27.18 
 
 
324 aa  86.7  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  22.9 
 
 
318 aa  86.3  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
320 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
319 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
353 aa  83.6  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  26.25 
 
 
309 aa  83.2  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  25 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
298 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  25.48 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
349 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 
321 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
341 aa  79  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.72 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
319 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
287 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.49 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  26.05 
 
 
320 aa  77  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
314 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  24.6 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  25.88 
 
 
323 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.09 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.53 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  26.03 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.93 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  23.78 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
314 aa  72.8  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
281 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.83 
 
 
333 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  27.57 
 
 
290 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4414  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
334 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.36 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.36 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.14 
 
 
336 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  25.45 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.79 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
310 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.03 
 
 
345 aa  68.9  0.00000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>