More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4054 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 320 aa  644    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.56 
 
 		 321 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  57.68 
 
 		 318 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.2 
 
 		 320 aa  359  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.63 
 
 		 320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.33 
 
 		 315 aa  350  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  57.28 
 
 		 317 aa  348  8e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.41 
 
 		 322 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.37 
 
 		 319 aa  347  2e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.04 
 
 		 322 aa  347  2e-94  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  58.36 
 
 		 326 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  58.02 
 
 		 323 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.9 
 
 		 319 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.65 
 
 		 313 aa  335  9e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  53.8 
 
 		 508 aa  331  9e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.44 
 
 		 315 aa  318  9e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  56.78 
 
 		 326 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  51.08 
 
 		 323 aa  317  2e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.46 
 
 		 320 aa  316  3e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 		 320 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  47.53 
 
 		 321 aa  313  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56 
 
 		 309 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.37 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.81 
 
 		 341 aa  300  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.88 
 
 		 324 aa  299  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.91 
 
 		 321 aa  290  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  48.73 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 		 506 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  50 
 
 		 306 aa  281  8.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.87 
 
 		 302 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  50.49 
 
 		 309 aa  278  6e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.28 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.36 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.24 
 
 		 338 aa  258  8e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 		 318 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.57 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.49 
 
 		 314 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  44.06 
 
 		 318 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  38.99 
 
 		 318 aa  238  8e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  45.54 
 
 		 324 aa  238  9e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.94 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  38.68 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.93 
 
 		 321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  40.19 
 
 		 320 aa  231  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.41 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  42.41 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.41 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.41 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.41 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.41 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.41 
 
 		 321 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.34 
 
 		 320 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 		 320 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.98 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.46 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.46 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  42.28 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.93 
 
 		 321 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  31.58 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.69 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  35.31 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.82 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.82 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.76 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  35.17 
 
 		 290 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 		 321 aa  119  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 		 285 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.78 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  30.9 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 		 327 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 		 322 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.07 
 
 		 336 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 		 352 aa  92.8  8e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.87 
 
 		 331 aa  92.4  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.87 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.87 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.39 
 
 		 330 aa  90.9  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 		 331 aa  90.1  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>