More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1439 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  100 
 
 
329 aa  679    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.5 
 
 
319 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.48 
 
 
318 aa  321  9.000000000000001e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.23 
 
 
331 aa  315  9e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  51.23 
 
 
331 aa  315  9e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  51.23 
 
 
331 aa  315  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  51.23 
 
 
331 aa  314  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 
330 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.19 
 
 
328 aa  287  2e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.47 
 
 
353 aa  191  2e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.640029 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
331 aa  115  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
321 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  24.47 
 
 
318 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
321 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
327 aa  97.1  4e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  27.6 
 
 
324 aa  94.7  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
332 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.85 
 
 
321 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 
346 aa  92.8  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 
321 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 
321 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
307 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
320 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.62 
 
 
318 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.73 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.73 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.73 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  26.73 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.73 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.73 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  28.67 
 
 
309 aa  87.4  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.43 
 
 
321 aa  86.3  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.45 
 
 
324 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  28.06 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.35 
 
 
318 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
349 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.19 
 
 
314 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
313 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
324 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
506 aa  80.9  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.28 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  24.06 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.85 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
330 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0315  oxidoreductase domain-containing protein  25.1 
 
 
694 aa  78.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596905  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.08 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  28.3 
 
 
289 aa  77  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.55 
 
 
319 aa  77  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.57 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
316 aa  76.3  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0935797  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
292 aa  76.3  0.0000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  24.39 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  24.09 
 
 
326 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.03 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
328 aa  74.7  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.26 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.12 
 
 
323 aa  74.7  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.23 
 
 
338 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.29 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.47 
 
 
347 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  26.98 
 
 
290 aa  74.3  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
287 aa  73.9  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
296 aa  73.6  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.87 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  27.65 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  27.65 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.64 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  22.73 
 
 
323 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.96 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.61 
 
 
338 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.89 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.67 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
308 aa  72.4  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
310 aa  72.4  0.000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.52 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
309 aa  72.4  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.69 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
327 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
349 aa  72.4  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 
304 aa  72.4  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.77 
 
 
319 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 
294 aa  72  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
329 aa  72.4  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>