More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2555 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
336 aa  686    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.38 
 
 
327 aa  351  8.999999999999999e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.54 
 
 
330 aa  339  4e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
335 aa  188  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  33.04 
 
 
339 aa  187  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  35.67 
 
 
330 aa  181  1e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
336 aa  179  5.999999999999999e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.71 
 
 
333 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
331 aa  158  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.86 
 
 
330 aa  157  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.55 
 
 
331 aa  156  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
331 aa  144  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
411 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
304 aa  136  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
318 aa  132  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
303 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.18 
 
 
304 aa  122  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.88 
 
 
304 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  27.88 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  27.88 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.58 
 
 
304 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  28.15 
 
 
306 aa  116  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
306 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
328 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869195 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  27.25 
 
 
318 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
321 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
328 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
320 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
316 aa  98.2  2e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
317 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 
321 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.3 
 
 
321 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  26.65 
 
 
318 aa  97.1  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.84 
 
 
327 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
333 aa  96.7  6e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.51 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.51 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  27.51 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.51 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.51 
 
 
321 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  29.76 
 
 
324 aa  95.9  8e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
321 aa  95.9  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.3 
 
 
321 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.07 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  27.86 
 
 
318 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
321 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
332 aa  93.6  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
313 aa  92.4  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
320 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
332 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.45 
 
 
331 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
318 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
321 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
349 aa  90.1  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
327 aa  89.7  6e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  27.06 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 
315 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
311 aa  88.6  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
328 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.56 
 
 
338 aa  87  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  24.93 
 
 
319 aa  87  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.98 
 
 
307 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
333 aa  86.7  6e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
322 aa  86.7  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
310 aa  86.3  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  24.29 
 
 
319 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  29.73 
 
 
306 aa  85.9  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
304 aa  86.3  8e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
355 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  26.28 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
306 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
330 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  26.51 
 
 
329 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 
331 aa  84  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.78 
 
 
330 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
330 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
292 aa  84  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297924  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.93 
 
 
363 aa  83.2  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26 
 
 
366 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
331 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  29.84 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>