More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2197 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
330 aa  672    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.28 
 
 
327 aa  350  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.54 
 
 
336 aa  339  4e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  35.14 
 
 
339 aa  211  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
335 aa  176  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
336 aa  165  8e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
333 aa  159  4e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  30.72 
 
 
330 aa  155  8e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  30.72 
 
 
330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
331 aa  149  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
331 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
411 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.79 
 
 
304 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.09 
 
 
329 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  28.57 
 
 
304 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  28.57 
 
 
304 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
304 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.48 
 
 
304 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.17 
 
 
304 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
320 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
304 aa  108  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
328 aa  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869195 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  27.05 
 
 
318 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
303 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  25.75 
 
 
318 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
306 aa  98.2  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
318 aa  96.7  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
321 aa  95.9  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
320 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
328 aa  94.7  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
333 aa  94.4  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
316 aa  94  4e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.36 
 
 
327 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 
322 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  26.8 
 
 
306 aa  90.5  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
311 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  26.16 
 
 
332 aa  90.1  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
319 aa  89.7  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 
321 aa  89.4  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
322 aa  88.6  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  24.25 
 
 
318 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
320 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
319 aa  85.9  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
326 aa  85.9  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25.15 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25.15 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
320 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.7 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
312 aa  82.8  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
321 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.88 
 
 
366 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
298 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
506 aa  81.6  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.69 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  24.71 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.85 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
332 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
355 aa  80.1  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
307 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  24.85 
 
 
319 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  25.15 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  25.68 
 
 
326 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
312 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
310 aa  77.8  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  27.46 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  26.35 
 
 
340 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.69 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.59 
 
 
353 aa  76.6  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.75 
 
 
329 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
330 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.55 
 
 
352 aa  76.3  0.0000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  27.13 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  24.78 
 
 
323 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  23.87 
 
 
324 aa  75.9  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
318 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  25.53 
 
 
326 aa  75.9  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  24.49 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.45 
 
 
331 aa  75.5  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  25.36 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.48 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
324 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>