More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3897 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
301 aa  591  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  55.96 
 
 
306 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.25 
 
 
306 aa  301  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.5 
 
 
318 aa  179  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.18 
 
 
304 aa  168  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
328 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.29 
 
 
322 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.33 
 
 
304 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.23 
 
 
304 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.59 
 
 
304 aa  142  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  35.94 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  35.94 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  38.77 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  34.03 
 
 
330 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.86 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
331 aa  108  7.000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
296 aa  109  7.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
335 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
301 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.53 
 
 
320 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.12 
 
 
320 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
336 aa  105  7e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
309 aa  105  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.15 
 
 
298 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
296 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.6 
 
 
294 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
331 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
295 aa  103  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  34.35 
 
 
326 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
329 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
295 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
321 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
381 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
320 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.13 
 
 
321 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.85 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
309 aa  97.1  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.38 
 
 
327 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
307 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
307 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  30.6 
 
 
317 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 
320 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.72 
 
 
330 aa  95.1  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
306 aa  95.1  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 
323 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.56 
 
 
321 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
307 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.56 
 
 
321 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
321 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.56 
 
 
321 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
299 aa  94.7  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.56 
 
 
321 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  38.51 
 
 
302 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  34.56 
 
 
321 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.56 
 
 
321 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
321 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.56 
 
 
321 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
321 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
321 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  30.83 
 
 
317 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.8 
 
 
298 aa  93.2  5e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
291 aa  92.8  6e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
294 aa  92.4  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.97 
 
 
321 aa  92.4  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
318 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.59 
 
 
349 aa  90.9  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
320 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
319 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.15 
 
 
306 aa  90.9  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  35.71 
 
 
326 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.32 
 
 
319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.36 
 
 
322 aa  90.5  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
327 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  27.46 
 
 
321 aa  90.1  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  33.49 
 
 
318 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.18 
 
 
306 aa  89.7  6e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.16 
 
 
302 aa  89.7  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
316 aa  88.6  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
317 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
320 aa  87  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  30.09 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  31.9 
 
 
320 aa  86.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
326 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.56 
 
 
321 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
322 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
314 aa  86.7  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
321 aa  86.3  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.54 
 
 
336 aa  86.3  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  31.76 
 
 
294 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.47 
 
 
318 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.69 
 
 
389 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>