More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0297 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
306 aa  617  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  48.44 
 
 
297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.53 
 
 
296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.04 
 
 
294 aa  241  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  48.25 
 
 
294 aa  229  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.91 
 
 
295 aa  226  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.58 
 
 
295 aa  224  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.5 
 
 
294 aa  210  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.29 
 
 
298 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.01 
 
 
294 aa  205  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
308 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
309 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.33 
 
 
298 aa  170  3e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 
302 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 
296 aa  160  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  34.97 
 
 
302 aa  159  7e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.8 
 
 
299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
301 aa  152  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.21 
 
 
309 aa  152  8e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 
306 aa  145  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.42 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  34.47 
 
 
302 aa  139  6e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
309 aa  138  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
291 aa  136  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
512 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
326 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.43 
 
 
328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
326 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
314 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
302 aa  125  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.38 
 
 
308 aa  122  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.44 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3092  NmrA-like protein  34.56 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.7 
 
 
332 aa  119  7.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  35.65 
 
 
311 aa  119  7.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.87 
 
 
326 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.57 
 
 
328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000218299  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.77 
 
 
328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.17 
 
 
336 aa  117  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.97 
 
 
329 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.29 
 
 
345 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.99 
 
 
325 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.11 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.51 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  34.91 
 
 
423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  33.6 
 
 
338 aa  113  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.6 
 
 
338 aa  113  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
296 aa  114  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
450 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
323 aa  113  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08611  hypothetical protein  25.18 
 
 
299 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0698127  hitchhiker  0.000145998 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
301 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  33.83 
 
 
318 aa  112  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0075  hypothetical protein  34.06 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  32.78 
 
 
322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.8 
 
 
335 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  33.45 
 
 
328 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
305 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.04 
 
 
307 aa  109  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  30.87 
 
 
340 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
328 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
349 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
320 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.16 
 
 
340 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
439 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
325 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.59 
 
 
318 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.53 
 
 
229 aa  104  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  29.82 
 
 
320 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.51 
 
 
307 aa  104  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
310 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  26.27 
 
 
320 aa  104  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
321 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  31.25 
 
 
317 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
307 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
307 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  31.25 
 
 
317 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  26.18 
 
 
316 aa  102  8e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  25.44 
 
 
320 aa  102  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.14 
 
 
319 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.21 
 
 
316 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.42 
 
 
328 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
435 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
328 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
318 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  35.27 
 
 
321 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
319 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  33.33 
 
 
319 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  31.38 
 
 
318 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.89 
 
 
327 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
381 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
319 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
289 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
319 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>