More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1308 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  100 
 
 
336 aa  671    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.1 
 
 
335 aa  408  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.88 
 
 
381 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.56 
 
 
389 aa  359  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  56.56 
 
 
389 aa  358  7e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  56.25 
 
 
389 aa  355  5e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  59.38 
 
 
328 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.35 
 
 
321 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  54.15 
 
 
412 aa  345  6e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.5 
 
 
381 aa  344  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.49 
 
 
353 aa  342  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.68 
 
 
349 aa  338  7e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.6 
 
 
326 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  59.25 
 
 
322 aa  334  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.66 
 
 
322 aa  332  8e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.21 
 
 
326 aa  329  4e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.15 
 
 
329 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  55.73 
 
 
321 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  55.49 
 
 
321 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.16 
 
 
328 aa  324  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.45 
 
 
326 aa  318  7e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
321 aa  318  9e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  49.53 
 
 
328 aa  317  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  49.53 
 
 
328 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.93 
 
 
323 aa  315  6e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.75 
 
 
328 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  48.75 
 
 
328 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  46.77 
 
 
327 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.5 
 
 
321 aa  300  3e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  55.21 
 
 
325 aa  300  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  48.44 
 
 
328 aa  299  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  47.2 
 
 
327 aa  296  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  48.85 
 
 
318 aa  274  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  44.78 
 
 
340 aa  258  9e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.88 
 
 
330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.18 
 
 
332 aa  238  8e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.86 
 
 
316 aa  228  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  43.57 
 
 
307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.86 
 
 
312 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.28 
 
 
308 aa  212  7e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  35.22 
 
 
316 aa  212  7.999999999999999e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  35.03 
 
 
320 aa  205  9e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  32.59 
 
 
320 aa  202  9e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  37.66 
 
 
317 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  39.68 
 
 
318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  37.97 
 
 
317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  44.21 
 
 
312 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.92 
 
 
310 aa  182  8.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
319 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 
318 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  36.45 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.69 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.1 
 
 
318 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  38.36 
 
 
375 aa  172  6.999999999999999e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
318 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  33.33 
 
 
340 aa  167  2e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  32.51 
 
 
366 aa  166  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.48 
 
 
319 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
319 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
294 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.53 
 
 
345 aa  158  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  35.95 
 
 
319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
314 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
296 aa  153  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  34.95 
 
 
411 aa  153  4e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
298 aa  152  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
295 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
295 aa  146  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  32.89 
 
 
294 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  29.43 
 
 
397 aa  144  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
319 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.23 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.23 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.23 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.23 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.23 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.89 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  31.13 
 
 
320 aa  139  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
321 aa  139  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
291 aa  139  6e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
320 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  34.45 
 
 
312 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  29.13 
 
 
338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  29.6 
 
 
382 aa  137  4e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  31.91 
 
 
334 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.88 
 
 
309 aa  137  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.04 
 
 
320 aa  136  5e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76018  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex 9  33.59 
 
 
386 aa  135  8e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  31.29 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  31.14 
 
 
321 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
340 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
316 aa  132  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>