More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3466 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
318 aa  642    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.42 
 
 
318 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.73 
 
 
319 aa  343  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  58.09 
 
 
316 aa  324  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  49.53 
 
 
317 aa  289  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  48.29 
 
 
317 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  48.45 
 
 
318 aa  279  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  48.32 
 
 
321 aa  279  6e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.98 
 
 
319 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.09 
 
 
319 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  48.41 
 
 
319 aa  262  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.58 
 
 
318 aa  259  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.45 
 
 
319 aa  258  9e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.45 
 
 
319 aa  258  9e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.61 
 
 
340 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.61 
 
 
340 aa  249  4e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  47.15 
 
 
319 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.5 
 
 
319 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.86 
 
 
319 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  42.33 
 
 
320 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  45.03 
 
 
319 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.03 
 
 
319 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.26 
 
 
345 aa  237  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  45.03 
 
 
319 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  45.03 
 
 
319 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  45.03 
 
 
319 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  45.28 
 
 
312 aa  236  6e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  42.9 
 
 
334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.48 
 
 
320 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  44.75 
 
 
334 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.72 
 
 
314 aa  232  6e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  42.6 
 
 
334 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.95 
 
 
320 aa  229  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.31 
 
 
321 aa  225  8e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.13 
 
 
312 aa  218  7e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
320 aa  218  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.69 
 
 
320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  39.29 
 
 
338 aa  209  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.29 
 
 
338 aa  209  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.36 
 
 
320 aa  208  9e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.81 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.54 
 
 
329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  41.25 
 
 
340 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 
302 aa  193  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
381 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.74 
 
 
389 aa  189  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  38.05 
 
 
321 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.17 
 
 
321 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.67 
 
 
307 aa  186  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.05 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  37.19 
 
 
318 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  39.1 
 
 
389 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  38.78 
 
 
389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
321 aa  179  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 
328 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.48 
 
 
328 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.48 
 
 
328 aa  177  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
353 aa  176  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
349 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  36.25 
 
 
328 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
316 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.46 
 
 
312 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.46 
 
 
336 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.26 
 
 
412 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  38.69 
 
 
322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.03 
 
 
328 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.14 
 
 
381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.33 
 
 
327 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  34.3 
 
 
327 aa  162  8.000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
328 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.3 
 
 
328 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.78 
 
 
335 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.6 
 
 
326 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
323 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.75 
 
 
310 aa  157  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
326 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
308 aa  155  6e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
306 aa  152  7e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
309 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
298 aa  150  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  27.8 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  32.88 
 
 
375 aa  147  3e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
308 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
306 aa  147  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  29.43 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
294 aa  146  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.88 
 
 
316 aa  146  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  31.31 
 
 
366 aa  145  1e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.95 
 
 
325 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
309 aa  142  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  27.8 
 
 
320 aa  142  9.999999999999999e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  36.24 
 
 
312 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  30.43 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>