More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2240 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  100 
 
 
381 aa  740    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.53 
 
 
381 aa  642    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  73.24 
 
 
389 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  72.92 
 
 
389 aa  509  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  73.51 
 
 
389 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  68.45 
 
 
412 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  62.35 
 
 
321 aa  361  9e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60.19 
 
 
321 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  63.21 
 
 
321 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  58.57 
 
 
336 aa  350  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.84 
 
 
349 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  55.08 
 
 
328 aa  338  8e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  55.08 
 
 
328 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60.12 
 
 
328 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.77 
 
 
328 aa  336  5e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.32 
 
 
353 aa  334  2e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.5 
 
 
323 aa  333  3e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.13 
 
 
322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.14 
 
 
335 aa  322  6e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  62.58 
 
 
322 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.46 
 
 
326 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  55.96 
 
 
328 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
326 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.28 
 
 
321 aa  309  5.9999999999999995e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.5 
 
 
329 aa  308  6.999999999999999e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  54.86 
 
 
326 aa  308  8e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  50.94 
 
 
327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  54.74 
 
 
328 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.74 
 
 
328 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.21 
 
 
321 aa  303  4.0000000000000003e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  57.37 
 
 
325 aa  295  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.47 
 
 
327 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.22 
 
 
330 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  49.67 
 
 
318 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  45.35 
 
 
340 aa  249  7e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.69 
 
 
332 aa  237  3e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.42 
 
 
312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  48.59 
 
 
316 aa  229  7e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.77 
 
 
307 aa  226  7e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.76 
 
 
316 aa  216  7e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  38.6 
 
 
317 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  38.91 
 
 
317 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.38 
 
 
318 aa  193  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  40.06 
 
 
318 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.38 
 
 
308 aa  192  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
318 aa  190  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.74 
 
 
310 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  47.66 
 
 
312 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  32.92 
 
 
320 aa  186  7e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.49 
 
 
318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  34.74 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  38.7 
 
 
366 aa  184  3e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.54 
 
 
345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.2 
 
 
320 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  32.59 
 
 
320 aa  181  1e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.23 
 
 
319 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.83 
 
 
314 aa  179  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.62 
 
 
319 aa  179  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  38.05 
 
 
319 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
319 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
319 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.16 
 
 
321 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.05 
 
 
319 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
319 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.28 
 
 
319 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
320 aa  161  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  32.8 
 
 
340 aa  160  5e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
320 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
312 aa  158  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
320 aa  158  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  34.38 
 
 
320 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.86 
 
 
319 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  38.49 
 
 
375 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
294 aa  152  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  37.11 
 
 
319 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.11 
 
 
319 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  37.11 
 
 
319 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.11 
 
 
319 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  37.11 
 
 
319 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.11 
 
 
320 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.26 
 
 
312 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  37.9 
 
 
411 aa  149  8e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  40.83 
 
 
321 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.81 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
298 aa  139  7e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.03 
 
 
316 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
295 aa  136  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  32.41 
 
 
334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
306 aa  136  7.000000000000001e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  33.75 
 
 
334 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 
295 aa  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.52 
 
 
340 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
296 aa  132  9e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  33.74 
 
 
334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.45 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>