More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0152 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  100 
 
 
335 aa  669    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.1 
 
 
336 aa  421  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.85 
 
 
381 aa  358  7e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.37 
 
 
326 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
353 aa  350  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  55.94 
 
 
328 aa  349  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  55.94 
 
 
328 aa  349  4e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.76 
 
 
349 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.92 
 
 
389 aa  346  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.05 
 
 
326 aa  342  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.76 
 
 
321 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.06 
 
 
328 aa  341  9e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  57.23 
 
 
389 aa  341  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  59.94 
 
 
321 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.11 
 
 
326 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.49 
 
 
322 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.56 
 
 
412 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  56.92 
 
 
389 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.23 
 
 
323 aa  329  4e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  59.32 
 
 
321 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.14 
 
 
328 aa  326  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  59.25 
 
 
322 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.59 
 
 
381 aa  322  7e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  52.8 
 
 
328 aa  318  7e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.56 
 
 
321 aa  317  2e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  49.69 
 
 
327 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  50.78 
 
 
328 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.78 
 
 
328 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  56.25 
 
 
325 aa  306  3e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.29 
 
 
329 aa  295  5e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50 
 
 
327 aa  295  9e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.2 
 
 
321 aa  285  8e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  51.3 
 
 
318 aa  282  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  46.96 
 
 
340 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.25 
 
 
330 aa  263  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.97 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  38.56 
 
 
316 aa  230  2e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  36.11 
 
 
320 aa  231  2e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.96 
 
 
316 aa  222  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  35.62 
 
 
320 aa  218  7.999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  42.95 
 
 
307 aa  215  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.5 
 
 
312 aa  209  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
308 aa  209  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  45.05 
 
 
312 aa  193  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  38.63 
 
 
317 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.06 
 
 
310 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  39.13 
 
 
318 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  38.01 
 
 
317 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  39.32 
 
 
375 aa  179  8e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.01 
 
 
318 aa  176  7e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.78 
 
 
318 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.69 
 
 
294 aa  172  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
319 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  36.45 
 
 
319 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.92 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
319 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  38.29 
 
 
340 aa  161  2e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.07 
 
 
319 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  31.45 
 
 
366 aa  157  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.93 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
320 aa  155  7e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
320 aa  155  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.98 
 
 
345 aa  154  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
294 aa  153  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
314 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.23 
 
 
319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.69 
 
 
306 aa  147  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.15 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
320 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  35.26 
 
 
319 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
296 aa  145  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
321 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
320 aa  143  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.95 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  34.95 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.95 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.95 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.95 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.95 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  32.35 
 
 
294 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.44 
 
 
320 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  31.23 
 
 
320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
309 aa  133  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  28.97 
 
 
382 aa  132  6e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
312 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  26.79 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  34.33 
 
 
411 aa  129  6e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  26.97 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.28 
 
 
291 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
287 aa  126  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  33.22 
 
 
321 aa  126  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
340 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>