More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0343 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  100 
 
 
325 aa  643    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.85 
 
 
326 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.23 
 
 
326 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  71.17 
 
 
326 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.5 
 
 
328 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  58.57 
 
 
328 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  64.42 
 
 
328 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  58.57 
 
 
328 aa  376  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.46 
 
 
323 aa  352  5.9999999999999994e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.93 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.94 
 
 
349 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.19 
 
 
389 aa  329  4e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.55 
 
 
321 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  60.94 
 
 
322 aa  328  7e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  57.19 
 
 
389 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  57.99 
 
 
321 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  58.62 
 
 
321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.52 
 
 
336 aa  318  7e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  57.19 
 
 
389 aa  318  7e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.7 
 
 
353 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  53.58 
 
 
328 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.37 
 
 
321 aa  312  4.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.5 
 
 
322 aa  311  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.8 
 
 
412 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.96 
 
 
328 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  52.96 
 
 
328 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.25 
 
 
335 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  50.91 
 
 
327 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.38 
 
 
329 aa  302  5.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.11 
 
 
381 aa  293  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.02 
 
 
321 aa  293  4e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  49.85 
 
 
327 aa  291  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  54.55 
 
 
318 aa  280  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
332 aa  266  2e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.91 
 
 
330 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  46.15 
 
 
340 aa  246  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  47.76 
 
 
312 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.12 
 
 
308 aa  237  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.37 
 
 
316 aa  232  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.86 
 
 
316 aa  212  7.999999999999999e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  35.37 
 
 
320 aa  207  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.07 
 
 
307 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  33.44 
 
 
320 aa  205  7e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  46.88 
 
 
312 aa  188  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  38.7 
 
 
375 aa  181  2e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.19 
 
 
310 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.81 
 
 
318 aa  170  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.29 
 
 
318 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
294 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  36.77 
 
 
317 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.6 
 
 
318 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  37.54 
 
 
318 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  33.01 
 
 
340 aa  156  6e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  36.13 
 
 
317 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  37.7 
 
 
319 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
320 aa  153  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.7 
 
 
319 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.7 
 
 
319 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
294 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
291 aa  150  3e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  33.65 
 
 
366 aa  150  3e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.02 
 
 
319 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
301 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.72 
 
 
309 aa  149  7e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.74 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 
314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
319 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
312 aa  142  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
295 aa  142  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
306 aa  139  7e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
320 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 
320 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  29.62 
 
 
397 aa  138  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  31.03 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
320 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
295 aa  136  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 
298 aa  136  5e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
296 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  31.31 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  35.46 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
340 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  35.46 
 
 
411 aa  133  5e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  32.08 
 
 
294 aa  132  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76018  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex 9  32.08 
 
 
386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.21 
 
 
345 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.36 
 
 
309 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  29.12 
 
 
302 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 
316 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.14 
 
 
319 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
306 aa  125  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
298 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.14 
 
 
319 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>