More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0197 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
321 aa  639    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.84 
 
 
326 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.45 
 
 
381 aa  354  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60.25 
 
 
328 aa  351  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.59 
 
 
326 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  53.4 
 
 
328 aa  338  5e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  53.4 
 
 
328 aa  338  5.9999999999999996e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.72 
 
 
328 aa  338  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.35 
 
 
353 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  56.04 
 
 
327 aa  332  4e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.42 
 
 
389 aa  331  9e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  55.8 
 
 
329 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  56.19 
 
 
321 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  55.56 
 
 
321 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  54.98 
 
 
326 aa  323  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.2 
 
 
349 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.1 
 
 
322 aa  323  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  55.25 
 
 
328 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.25 
 
 
328 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  55.73 
 
 
389 aa  323  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.66 
 
 
323 aa  322  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  52.8 
 
 
340 aa  322  7e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  55.42 
 
 
389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  52.5 
 
 
336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  55.24 
 
 
321 aa  318  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.92 
 
 
321 aa  315  7e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  54.8 
 
 
328 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  58.1 
 
 
322 aa  309  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.66 
 
 
381 aa  309  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  57.64 
 
 
325 aa  309  5e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.21 
 
 
327 aa  302  4.0000000000000003e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  52.52 
 
 
412 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  52.2 
 
 
335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  51.35 
 
 
318 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.63 
 
 
330 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  51.32 
 
 
307 aa  269  4e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.23 
 
 
308 aa  258  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.72 
 
 
332 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.67 
 
 
316 aa  253  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.93 
 
 
312 aa  238  9e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.22 
 
 
316 aa  224  1e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  34.81 
 
 
320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  35.9 
 
 
320 aa  218  7.999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
318 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  44.52 
 
 
312 aa  199  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.92 
 
 
314 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.03 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.09 
 
 
318 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  42.11 
 
 
375 aa  194  1e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  37.66 
 
 
366 aa  193  4e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  37.35 
 
 
317 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  38.83 
 
 
318 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  35.65 
 
 
340 aa  187  1e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  36.73 
 
 
317 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
320 aa  184  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  34.46 
 
 
338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
320 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  35.28 
 
 
320 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.4 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  36.01 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
320 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.66 
 
 
319 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.66 
 
 
319 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.2 
 
 
319 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
319 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.01 
 
 
319 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.18 
 
 
296 aa  170  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.34 
 
 
345 aa  169  7e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.89 
 
 
309 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.31 
 
 
294 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
321 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
319 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.17 
 
 
308 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  35.84 
 
 
411 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.89 
 
 
319 aa  164  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.13 
 
 
319 aa  162  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  38.3 
 
 
321 aa  162  7e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  33.94 
 
 
302 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  33.79 
 
 
294 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
296 aa  158  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
295 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.54 
 
 
309 aa  157  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
302 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
306 aa  155  9e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.27 
 
 
316 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.13 
 
 
319 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
312 aa  154  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.13 
 
 
319 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.13 
 
 
319 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.13 
 
 
319 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.16 
 
 
320 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.57 
 
 
291 aa  152  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  30.45 
 
 
382 aa  152  8.999999999999999e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.81 
 
 
298 aa  151  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 
295 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.81 
 
 
319 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>