More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0016 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  100 
 
 
340 aa  674    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.8 
 
 
321 aa  285  9e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.91 
 
 
328 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.51 
 
 
328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.51 
 
 
328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  46.91 
 
 
328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.26 
 
 
381 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  47.21 
 
 
327 aa  272  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  46.91 
 
 
328 aa  272  5.000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  47.35 
 
 
318 aa  270  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.95 
 
 
329 aa  268  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.85 
 
 
328 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.77 
 
 
326 aa  260  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  46.04 
 
 
328 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 
326 aa  258  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.14 
 
 
321 aa  256  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.69 
 
 
321 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.97 
 
 
308 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.99 
 
 
323 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  44.78 
 
 
336 aa  252  8.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.15 
 
 
389 aa  249  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.89 
 
 
307 aa  250  3e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.15 
 
 
349 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44 
 
 
326 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.71 
 
 
316 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.6 
 
 
353 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.65 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.96 
 
 
335 aa  241  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  47.15 
 
 
389 aa  239  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  47.53 
 
 
321 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  47.53 
 
 
321 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  46.55 
 
 
389 aa  237  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
322 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  49.07 
 
 
322 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  44.44 
 
 
412 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  45.23 
 
 
325 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  42.73 
 
 
381 aa  225  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.64 
 
 
312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.46 
 
 
330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.01 
 
 
316 aa  218  1e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  34.22 
 
 
320 aa  215  9e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  42.51 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.17 
 
 
332 aa  210  3e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  33.04 
 
 
320 aa  210  3e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  41.59 
 
 
317 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.64 
 
 
319 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  39.18 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.73 
 
 
314 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.82 
 
 
319 aa  196  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.49 
 
 
310 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
319 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
319 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.25 
 
 
318 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  39.34 
 
 
318 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  38.44 
 
 
345 aa  189  8e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  43.61 
 
 
312 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.91 
 
 
319 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.91 
 
 
319 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.06 
 
 
318 aa  185  9e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.95 
 
 
318 aa  179  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
320 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  34.13 
 
 
366 aa  176  8e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  36.49 
 
 
375 aa  175  9.999999999999999e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  38.41 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  36.81 
 
 
334 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  39.02 
 
 
319 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  37.2 
 
 
334 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.02 
 
 
319 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  39.02 
 
 
319 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  39.02 
 
 
320 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  39.02 
 
 
319 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.02 
 
 
319 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.13 
 
 
312 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  39.57 
 
 
321 aa  170  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
319 aa  169  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
321 aa  169  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
320 aa  169  9e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  39.25 
 
 
312 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  32.75 
 
 
338 aa  162  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
338 aa  162  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  35.74 
 
 
340 aa  161  1e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.11 
 
 
296 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  36.86 
 
 
334 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  40.62 
 
 
316 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  35.33 
 
 
411 aa  159  5e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  33.03 
 
 
320 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.95 
 
 
340 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  32 
 
 
382 aa  147  3e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
295 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76018  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex 9  31.23 
 
 
386 aa  145  8.000000000000001e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 
298 aa  145  8.000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
316 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  33.11 
 
 
294 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
294 aa  142  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
295 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
302 aa  140  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>