More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2558 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
335 aa  677    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.32 
 
 
331 aa  232  6e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.53 
 
 
331 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.21 
 
 
333 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.39 
 
 
330 aa  200  3e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
336 aa  188  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
331 aa  187  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.34 
 
 
330 aa  182  7e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
330 aa  176  5e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.82 
 
 
327 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.95 
 
 
329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
320 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
327 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 
316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
328 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869195 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  29.82 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  29.82 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.82 
 
 
304 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  28.77 
 
 
339 aa  112  7.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.52 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
304 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  31.58 
 
 
340 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.22 
 
 
304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
301 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  31.63 
 
 
306 aa  108  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  31.27 
 
 
340 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
318 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.03 
 
 
335 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.67 
 
 
330 aa  106  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1263  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.94 
 
 
338 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2237  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.94 
 
 
335 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0976  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.94 
 
 
338 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
333 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  29.65 
 
 
336 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1280  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.03 
 
 
338 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2924  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.03 
 
 
335 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488644  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
319 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  28.86 
 
 
336 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  30.5 
 
 
329 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  30.5 
 
 
329 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.85 
 
 
334 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  30.81 
 
 
342 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  28.86 
 
 
338 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.23 
 
 
330 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
324 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
358 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  30.59 
 
 
328 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
358 aa  99.8  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  30.61 
 
 
363 aa  99.4  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
313 aa  98.2  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.86 
 
 
328 aa  96.3  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  28.07 
 
 
336 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
321 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.2 
 
 
330 aa  95.9  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
334 aa  95.5  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  28.57 
 
 
335 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
324 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
333 aa  95.1  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.989614  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  29.8 
 
 
347 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
314 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
352 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000297127  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
323 aa  94.4  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
332 aa  94.4  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.03 
 
 
387 aa  93.6  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
321 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
321 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
303 aa  93.6  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
320 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  30.57 
 
 
345 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
322 aa  92.8  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  29.05 
 
 
349 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
328 aa  92.8  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.28 
 
 
327 aa  92  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
335 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
335 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
335 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
321 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  27.83 
 
 
335 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
355 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  25.55 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  27.83 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
335 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
321 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  29.33 
 
 
329 aa  90.5  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  29.8 
 
 
341 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1958  dihydroflavonol-4-reductase family protein  29.15 
 
 
335 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.169655  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.86 
 
 
328 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
321 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>