More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1625 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 293 aa  597  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.53 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  54.77 
 
 		 318 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.78 
 
 		 321 aa  310  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.09 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  55.17 
 
 		 306 aa  296  3e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.3 
 
 		 319 aa  295  8e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  51.96 
 
 		 317 aa  294  9e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.01 
 
 		 320 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.27 
 
 		 322 aa  292  3e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.11 
 
 		 315 aa  292  4e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.53 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  52.59 
 
 		 508 aa  288  7e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.07 
 
 		 319 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.81 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.05 
 
 		 321 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  51.08 
 
 		 323 aa  285  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.05 
 
 		 313 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.18 
 
 		 320 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.36 
 
 		 320 aa  276  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.12 
 
 		 309 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  51.32 
 
 		 321 aa  272  4.0000000000000004e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 320 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.17 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.38 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  50 
 
 		 309 aa  265  5e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.76 
 
 		 341 aa  264  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  51.55 
 
 		 324 aa  263  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.54 
 
 		 323 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  44.52 
 
 		 326 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  44.91 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  49.44 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.89 
 
 		 328 aa  249  5e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.03 
 
 		 318 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  46.18 
 
 		 326 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.22 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.8 
 
 		 320 aa  242  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.21 
 
 		 321 aa  241  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.83 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.33 
 
 		 313 aa  239  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.17 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.44 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.44 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.83 
 
 		 321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.83 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.83 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  46.83 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.83 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.83 
 
 		 321 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.83 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  44.8 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 		 506 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  44.19 
 
 		 309 aa  218  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.11 
 
 		 314 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  39.34 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  38.6 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  40.77 
 
 		 320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.47 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.11 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.23 
 
 		 321 aa  158  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.32 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.23 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  31.78 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.89 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  36.29 
 
 		 289 aa  134  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  35.74 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.09 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.31 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.97 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.54 
 
 		 331 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.54 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.54 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 		 334 aa  99.8  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 313 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 		 285 aa  98.6  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.84 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.84 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.84 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 		 326 aa  93.2  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 		 330 aa  92.4  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.84 
 
 		 328 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.84 
 
 		 328 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 		 312 aa  89.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 		 318 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.27 
 
 		 354 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 		 333 aa  85.9  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  28.23 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>