More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2291 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
349 aa  722    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  83.53 
 
 
355 aa  618  1e-176  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0516  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.95 
 
 
349 aa  613  9.999999999999999e-175  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.9 
 
 
349 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  81.82 
 
 
341 aa  593  1e-168  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000370368  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.83 
 
 
357 aa  590  1e-167  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1758  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  78.9 
 
 
355 aa  587  1e-166  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0506683 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.59 
 
 
345 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.87 
 
 
354 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  77.71 
 
 
350 aa  570  1e-161  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  74.06 
 
 
350 aa  550  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3391  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.55 
 
 
354 aa  541  1e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.478209  normal  0.0989265 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.63 
 
 
354 aa  533  1e-150  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2895  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.26 
 
 
351 aa  527  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.105937 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5840  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.45 
 
 
352 aa  525  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.481427 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13118  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.23 
 
 
350 aa  527  1e-148  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.399683  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1511  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.66 
 
 
351 aa  522  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0354  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  70.35 
 
 
348 aa  521  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0216  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.02 
 
 
330 aa  482  1e-135  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.240285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
358 aa  442  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.25 
 
 
358 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.02 
 
 
363 aa  431  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.05 
 
 
357 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.8 
 
 
359 aa  430  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.77 
 
 
355 aa  422  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
355 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.8 
 
 
356 aa  422  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.06 
 
 
362 aa  418  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.14 
 
 
358 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.42 
 
 
358 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.94 
 
 
352 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 
358 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.47 
 
 
353 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  58.36 
 
 
352 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.15 
 
 
358 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.98 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.51 
 
 
355 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.26 
 
 
352 aa  395  1e-109  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.55 
 
 
353 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.1 
 
 
353 aa  395  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.55 
 
 
342 aa  397  1e-109  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.9 
 
 
357 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.59 
 
 
361 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.15 
 
 
371 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.59 
 
 
361 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.59 
 
 
361 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.59 
 
 
361 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.43 
 
 
359 aa  392  1e-108  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0482  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.65 
 
 
349 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0600  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.65 
 
 
349 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0365968  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.4 
 
 
367 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.52 
 
 
365 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.7 
 
 
361 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 
354 aa  394  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.18 
 
 
359 aa  388  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.87 
 
 
361 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.31 
 
 
361 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 
353 aa  388  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.85 
 
 
354 aa  388  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  53.04 
 
 
361 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.31 
 
 
361 aa  385  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.31 
 
 
366 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.62 
 
 
362 aa  386  1e-106  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.49 
 
 
360 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.84 
 
 
362 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  53.04 
 
 
361 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.6 
 
 
355 aa  386  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
355 aa  385  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.07 
 
 
367 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.31 
 
 
361 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.2 
 
 
360 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
353 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 
353 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.69 
 
 
355 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
337 aa  381  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.46 
 
 
356 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00234117 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.46 
 
 
366 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.2 
 
 
350 aa  382  1e-105  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54 
 
 
355 aa  381  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1272  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.66 
 
 
351 aa  381  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.447034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.65 
 
 
354 aa  384  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.71 
 
 
342 aa  381  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  52.92 
 
 
362 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0512  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.41 
 
 
339 aa  381  1e-105  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
353 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 
353 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.29 
 
 
355 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
353 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.78 
 
 
359 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 
345 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.24 
 
 
360 aa  378  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.56 
 
 
400 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.52 
 
 
356 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.26 
 
 
363 aa  381  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.56 
 
 
397 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.41 
 
 
351 aa  381  1e-104  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.7 
 
 
348 aa  380  1e-104  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.8 
 
 
366 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.56 
 
 
400 aa  378  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.56 
 
 
400 aa  378  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>