More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4174 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
306 aa  625  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  86.6 
 
 
306 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  87.87 
 
 
309 aa  543  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  87.25 
 
 
306 aa  527  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  72.7 
 
 
304 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  72.7 
 
 
304 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  71.38 
 
 
304 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  72.04 
 
 
304 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.38 
 
 
327 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.02 
 
 
307 aa  362  6e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.64 
 
 
307 aa  351  7e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.12 
 
 
301 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.46 
 
 
306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
306 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.19 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.42 
 
 
333 aa  215  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.88 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.56 
 
 
321 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.13 
 
 
314 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  39.22 
 
 
303 aa  186  3e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  35.86 
 
 
314 aa  176  3e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.08 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.95 
 
 
300 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.07 
 
 
299 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.69 
 
 
298 aa  125  7e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.18 
 
 
303 aa  124  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.67 
 
 
281 aa  123  4e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.64 
 
 
285 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.76 
 
 
297 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.27 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.56 
 
 
291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.04 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.76 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.11 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.44 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.79 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.24 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.37 
 
 
294 aa  113  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.67 
 
 
294 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.34 
 
 
295 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.54 
 
 
278 aa  112  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.54 
 
 
293 aa  112  9e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.98 
 
 
294 aa  112  9e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.81 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.87 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.15 
 
 
278 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.16 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.27 
 
 
283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.55 
 
 
461 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.48 
 
 
285 aa  109  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.48 
 
 
285 aa  109  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.91 
 
 
285 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.46 
 
 
292 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.76 
 
 
305 aa  107  2e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.09 
 
 
287 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.45 
 
 
328 aa  107  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.17 
 
 
284 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.88 
 
 
284 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
298 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.17 
 
 
284 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.09 
 
 
284 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.09 
 
 
284 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.47 
 
 
284 aa  106  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.17 
 
 
284 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.31 
 
 
277 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.35 
 
 
306 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.12 
 
 
283 aa  105  6e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.26 
 
 
272 aa  105  7e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.22 
 
 
278 aa  105  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.17 
 
 
284 aa  105  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.59 
 
 
294 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.48 
 
 
288 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.39 
 
 
283 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.72 
 
 
285 aa  104  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.21 
 
 
288 aa  104  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.21 
 
 
295 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
296 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.41 
 
 
285 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.33 
 
 
296 aa  103  5e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
291 aa  103  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.88 
 
 
287 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3135  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.73 
 
 
282 aa  102  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.53 
 
 
291 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.08 
 
 
284 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
299 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.15 
 
 
294 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.7 
 
 
281 aa  101  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.36 
 
 
282 aa  101  1e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  26.92 
 
 
294 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.44 
 
 
294 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.95 
 
 
298 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1084  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.89 
 
 
283 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0125965  normal  0.0422522 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
300 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.9 
 
 
285 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
283 aa  100  4e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>