More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2635 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
301 aa  613  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.87 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.29 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.304457 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.9 
 
 
301 aa  301  7.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1956  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.48 
 
 
271 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.307434  normal  0.606516 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2567  putative sulfolipid biosynthesis protein  44.33 
 
 
271 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.89 
 
 
273 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.3 
 
 
271 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3941  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.438556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
342 aa  82.4  0.000000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.21169 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27520  UDP-galactose 4-epimerase  27.04 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
328 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1261  UDP-glucose 4-epimerase  29.87 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
510 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  30.28 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.79 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
501 aa  77.4  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
350 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  27.83 
 
 
316 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
307 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.15 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
305 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.15 
 
 
321 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0739  UDP-glucose 4-epimerase  30.22 
 
 
327 aa  72  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209358  hitchhiker  0.00614298 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  28.05 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.74 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48420  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.52 
 
 
286 aa  70.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.727055  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  28.89 
 
 
319 aa  71.2  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.74 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.74 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.74 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
346 aa  70.5  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  29.71 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  26.77 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  29.84 
 
 
290 aa  69.3  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
325 aa  69.7  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  28.81 
 
 
724 aa  68.9  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.48 
 
 
330 aa  68.9  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
324 aa  68.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  30.12 
 
 
289 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.49 
 
 
306 aa  68.6  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.71 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.37 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  21.98 
 
 
290 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  37.02 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
318 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
353 aa  68.9  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  26.45 
 
 
304 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1108  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.82 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
677 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
304 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1830  UDP-glucose 4-epimerase  29.32 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.352077  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  26.45 
 
 
304 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2109  putative UDP-glucose 4-epimerase  28.63 
 
 
323 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.947732 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  27.99 
 
 
327 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
350 aa  67.4  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  28.64 
 
 
329 aa  67.4  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
308 aa  67.4  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  29.02 
 
 
318 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
327 aa  67  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
349 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  28.66 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2305  UDP-glucose 4-epimerase  28.66 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.738706  normal  0.125833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  27.48 
 
 
318 aa  65.9  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  24.52 
 
 
328 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
303 aa  65.5  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  33.54 
 
 
328 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.69 
 
 
316 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
368 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  31.98 
 
 
323 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.09 
 
 
304 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469702  normal  0.717874 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
306 aa  64.7  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1148  UDP-glucose 4-epimerase  26.01 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.602539  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_4642  predicted protein  31.72 
 
 
347 aa  64.3  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.609905  normal  0.210663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>