More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3679 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
285 aa  593  1e-169  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.36 
 
 
283 aa  334  1e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.84 
 
 
461 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.61 
 
 
287 aa  310  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.77 
 
 
328 aa  281  8.000000000000001e-75  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.84 
 
 
284 aa  262  6e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.84 
 
 
284 aa  262  6e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.84 
 
 
284 aa  261  8e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.84 
 
 
284 aa  261  1e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.13 
 
 
284 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.48 
 
 
285 aa  259  4e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.1 
 
 
278 aa  259  4e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.13 
 
 
284 aa  258  9e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
284 aa  257  2e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.7 
 
 
284 aa  256  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
282 aa  256  4e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.84 
 
 
283 aa  243  3e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.39 
 
 
286 aa  239  5e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.76 
 
 
261 aa  238  9e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.4 
 
 
270 aa  237  2e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.5 
 
 
246 aa  232  5e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.76 
 
 
281 aa  232  6e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.8 
 
 
280 aa  232  6e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.55 
 
 
296 aa  231  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.92 
 
 
237 aa  228  7e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.57 
 
 
288 aa  228  7e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
291 aa  225  6e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
281 aa  224  1e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
296 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
291 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.59 
 
 
293 aa  223  3e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.32 
 
 
294 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.7 
 
 
297 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
287 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
294 aa  219  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
294 aa  219  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.25 
 
 
294 aa  219  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.93 
 
 
281 aa  217  1e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.09 
 
 
278 aa  217  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.45 
 
 
279 aa  216  2e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
298 aa  216  4e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.75 
 
 
293 aa  214  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.48 
 
 
270 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
280 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
284 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.45 
 
 
277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
301 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
283 aa  212  7e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
300 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
285 aa  211  1e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.51 
 
 
285 aa  210  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
291 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.35 
 
 
283 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.16 
 
 
286 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.15 
 
 
283 aa  209  4e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.79 
 
 
276 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.02 
 
 
297 aa  209  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
280 aa  209  5e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.75 
 
 
298 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
290 aa  208  7e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.91 
 
 
291 aa  208  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.69 
 
 
285 aa  208  9e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
291 aa  208  9e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
284 aa  208  9e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.01 
 
 
281 aa  207  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
288 aa  207  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
287 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  39.41 
 
 
294 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
295 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
295 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.56 
 
 
285 aa  205  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
297 aa  205  6e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.3 
 
 
287 aa  205  7e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
295 aa  205  9e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
288 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.54 
 
 
301 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  39.41 
 
 
294 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
301 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
300 aa  204  1e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.3 
 
 
288 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
306 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.91 
 
 
300 aa  202  4e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
321 aa  202  4e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
284 aa  202  5e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.57 
 
 
301 aa  202  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
292 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.45 
 
 
298 aa  202  7e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
299 aa  201  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.64 
 
 
283 aa  201  9e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
281 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.62 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.35 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>