More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2167 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
327 aa  678    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.56 
 
 
327 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.43 
 
 
343 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.51 
 
 
326 aa  411  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.83 
 
 
334 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13505  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  45.68 
 
 
364 aa  291  1e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.04 
 
 
323 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.09 
 
 
325 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.13 
 
 
297 aa  186  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.77 
 
 
289 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.950966 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.01 
 
 
273 aa  172  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4287  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.55 
 
 
297 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
303 aa  142  6e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.79 
 
 
297 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.838406  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
332 aa  82.8  0.000000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.32 
 
 
308 aa  77.4  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.33 
 
 
330 aa  76.3  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4724  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.51 
 
 
330 aa  75.9  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.25 
 
 
282 aa  75.9  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
327 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
320 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
334 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.44 
 
 
333 aa  74.3  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.67 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
346 aa  73.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.15 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
313 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
326 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
313 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
314 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
347 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  30.49 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 
373 aa  69.7  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192134  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.57 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
335 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.77 
 
 
336 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  29.17 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.34 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  29.17 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  28.9 
 
 
329 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.5 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469702  normal  0.717874 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5056  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  28.21 
 
 
331 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  29.25 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.65 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  28.3 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.24 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.21 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.52 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
308 aa  67.4  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
326 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
324 aa  67  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2084  UDP-glucose 4-epimerase  27.16 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
347 aa  67  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
327 aa  67  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5114  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4945  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4960  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00145973  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.16 
 
 
307 aa  66.6  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5354  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5505  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.678064  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
318 aa  66.6  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  28.16 
 
 
334 aa  66.2  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5380  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
309 aa  66.2  0.0000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
335 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5434  UDP-glucose 4-epimerase  27.17 
 
 
330 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
324 aa  65.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
321 aa  65.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
309 aa  66.2  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  27.68 
 
 
352 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  27.68 
 
 
352 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
302 aa  65.9  0.0000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
298 aa  65.9  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
321 aa  65.9  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.84 
 
 
298 aa  65.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0537  UDP-glucose 4-epimerase  25.62 
 
 
328 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  28.9 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>