More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3399 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
287 aa  597  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.14 
 
 
316 aa  212  7e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  30.77 
 
 
319 aa  140  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  30.31 
 
 
319 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
664 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
313 aa  95.9  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.86 
 
 
284 aa  95.5  8e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.701865  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5389  UDP-glucose 4-epimerase  30.82 
 
 
326 aa  95.5  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.925901  hitchhiker  0.00813598 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  30.84 
 
 
316 aa  92.8  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
315 aa  92.4  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  30.51 
 
 
304 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
333 aa  92  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.67 
 
 
316 aa  90.9  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1063  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  28.2 
 
 
312 aa  89.7  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  28.11 
 
 
308 aa  89.4  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0778  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.18 
 
 
316 aa  89.4  7e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00475764  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
336 aa  89  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
326 aa  88.6  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
327 aa  88.2  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  27.64 
 
 
337 aa  88.2  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
313 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  29.17 
 
 
329 aa  87.8  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.67 
 
 
325 aa  87  3e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
309 aa  86.7  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.02 
 
 
340 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
297 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1401  UDP-glucose 4-epimerase  28.85 
 
 
325 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.622872 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.06 
 
 
294 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
294 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
305 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  25.24 
 
 
330 aa  86.3  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  25.24 
 
 
330 aa  86.3  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.68 
 
 
344 aa  86.3  5e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
311 aa  85.9  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.25 
 
 
336 aa  85.9  8e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
308 aa  85.5  9e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
298 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1950  UDP-glucose 4-epimerase  27.92 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00010158  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1217  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.63 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  27.89 
 
 
303 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  25.88 
 
 
328 aa  84.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 
299 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
313 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5586  capsular polysaccharide biosynthesis protein  27.74 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.851116  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0339  UDP-galactose 4-epimerase  25.57 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
324 aa  83.2  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
334 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.95 
 
 
341 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
328 aa  82.4  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.91 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.26 
 
 
330 aa  82.4  0.000000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1426  hypothetical protein  27.74 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0301389  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.01 
 
 
334 aa  82  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
328 aa  81.6  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.03 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  28.05 
 
 
343 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  24.11 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
336 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  29.64 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.67 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2146  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.05 
 
 
308 aa  81.3  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.478357  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
335 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
319 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07621  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.68 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.51 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.67 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.87 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
314 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0647  UDP-glucose 4-epimerase  27.48 
 
 
334 aa  80.5  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.52379 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0230  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  29.1 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000382346  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2296  UDP-glucose 4-epimerase  27.14 
 
 
332 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0685496  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.15 
 
 
307 aa  80.1  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  27.19 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0659  UDP-glucose 4-epimerase  27.24 
 
 
306 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
377 aa  80.1  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.05 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
322 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.58 
 
 
327 aa  80.1  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02926  nucleotide sugar epimerase  28.01 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
373 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1119  UDP-glucose 4-epimerase  26.52 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
333 aa  79.3  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
327 aa  79.3  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  23.16 
 
 
307 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
327 aa  79  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
337 aa  79  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>