More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0076 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
325 aa  657    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
354 aa  127  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
350 aa  119  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
368 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.86 
 
 
359 aa  117  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
368 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
360 aa  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  27.27 
 
 
376 aa  108  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
341 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
358 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
366 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.24 
 
 
331 aa  105  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
337 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
357 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
357 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
357 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
361 aa  102  6e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
358 aa  103  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
318 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
589 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16640  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.96 
 
 
343 aa  98.6  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
402 aa  98.2  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
349 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
355 aa  96.7  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
347 aa  96.3  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
347 aa  93.2  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
349 aa  92.8  7e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
466 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
466 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
466 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.82 
 
 
330 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.51 
 
 
315 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.67 
 
 
354 aa  89  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
349 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 
362 aa  85.9  9e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  24.84 
 
 
357 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
368 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  27.19 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
320 aa  84  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  27.27 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
376 aa  83.6  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  26.96 
 
 
373 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
332 aa  82.8  0.000000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
350 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.64 
 
 
357 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4123  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.970471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0160562  normal  0.607841 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.239778  normal  0.124525 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
331 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.79 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.728096  normal  0.187827 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
365 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  28.5 
 
 
328 aa  72.4  0.000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
320 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.32 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
351 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.32 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.45 
 
 
307 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
314 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.08 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.48 
 
 
349 aa  67  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
310 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.74 
 
 
285 aa  66.2  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
321 aa  65.9  0.0000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0141564  hitchhiker  0.00538741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
309 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
344 aa  65.5  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
312 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 
312 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3696  UDP-glucose 4-epimerase  32.27 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0207521 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.3 
 
 
331 aa  64.7  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  32.18 
 
 
314 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.3 
 
 
331 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  27.3 
 
 
331 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
331 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
323 aa  63.9  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 
305 aa  63.5  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
321 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
308 aa  63.2  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
321 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>