More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0479 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
354 aa  698    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.61 
 
 
346 aa  561  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.87 
 
 
345 aa  414  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.62 
 
 
341 aa  372  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.06 
 
 
359 aa  371  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.16 
 
 
366 aa  369  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.78 
 
 
368 aa  367  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.99 
 
 
368 aa  346  4e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
357 aa  345  6e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
357 aa  345  7e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
357 aa  345  7e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.57 
 
 
366 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  54.29 
 
 
331 aa  331  1e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  48.7 
 
 
376 aa  330  3e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.66 
 
 
337 aa  324  1e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.71 
 
 
358 aa  300  2e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.29 
 
 
358 aa  300  2e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.31 
 
 
350 aa  297  2e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.61 
 
 
402 aa  285  8e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.21 
 
 
328 aa  282  6.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.35 
 
 
332 aa  242  6e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
361 aa  232  6e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  42.99 
 
 
335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4356  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
312 aa  186  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.773197 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.82 
 
 
349 aa  176  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
589 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
315 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
360 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0141564  hitchhiker  0.00538741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
325 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
312 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  0.0000148939 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
312 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  28.31 
 
 
357 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
388 aa  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
315 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
314 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
330 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
347 aa  98.2  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
307 aa  96.3  7e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.57 
 
 
354 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
362 aa  93.2  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  26.09 
 
 
318 aa  92.8  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.77 
 
 
320 aa  92.8  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
376 aa  89.4  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
368 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
331 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
351 aa  80.1  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
328 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
328 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  26.32 
 
 
373 aa  76.6  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.72 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.68 
 
 
357 aa  72.8  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
340 aa  72.8  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
347 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
365 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
466 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.58 
 
 
350 aa  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.03 
 
 
336 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
305 aa  63.2  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.4 
 
 
298 aa  62.4  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
324 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.44 
 
 
372 aa  61.6  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
317 aa  59.7  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.14 
 
 
354 aa  58.2  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 
298 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3834  UDP-galactose 4-epimerase  29.38 
 
 
342 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  26.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  26.94 
 
 
338 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.73 
 
 
336 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0812  UDP-galactose-4-epimerase  26.94 
 
 
338 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0903  UDP-galactose-4-epimerase  26.94 
 
 
338 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  27.23 
 
 
338 aa  57.8  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
374 aa  57.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0871  UDP-galactose-4-epimerase  26.94 
 
 
338 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0840  UDP-galactose-4-epimerase  26.94 
 
 
338 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.36 
 
 
336 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.02 
 
 
510 aa  56.6  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0714  UDP-glucose 4-epimerase  30.63 
 
 
338 aa  56.2  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.168591  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  30.08 
 
 
314 aa  56.2  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  28.36 
 
 
339 aa  56.6  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>