More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1961 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  99.69 
 
 
318 aa  639    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
320 aa  645    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.38 
 
 
318 aa  212  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.05 
 
 
305 aa  164  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
351 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
347 aa  123  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
330 aa  122  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
589 aa  119  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.23 
 
 
354 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
349 aa  108  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
360 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.76 
 
 
357 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
338 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
354 aa  102  8e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
365 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16640  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.17 
 
 
343 aa  101  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
328 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
357 aa  99  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
357 aa  99  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
357 aa  99  9e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
368 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
341 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
350 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
346 aa  97.4  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
359 aa  97.1  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
328 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
328 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.09 
 
 
331 aa  96.3  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.31 
 
 
349 aa  95.5  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
350 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
366 aa  94.4  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
368 aa  93.6  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  26.93 
 
 
376 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
328 aa  92.4  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
349 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
466 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
466 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
466 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
307 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 
347 aa  87  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
317 aa  85.9  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 
345 aa  84.3  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  27.74 
 
 
357 aa  83.2  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
362 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
337 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
374 aa  80.5  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
388 aa  77  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
368 aa  76.6  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  29.43 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
376 aa  74.7  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  26.56 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
358 aa  72.8  0.000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
358 aa  72.8  0.000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 
302 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107355  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.62 
 
 
501 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
402 aa  70.1  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
315 aa  69.7  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 
361 aa  68.6  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0141564  hitchhiker  0.00538741 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 
307 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.36 
 
 
308 aa  66.2  0.0000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
315 aa  65.9  0.0000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2285  UDP-glucose 4-epimerase  28.64 
 
 
351 aa  64.3  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
309 aa  62.8  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.02 
 
 
247 aa  62  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 
311 aa  62  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
342 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.99 
 
 
315 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
346 aa  60.5  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1958  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
880 aa  60.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0262576  hitchhiker  0.00141398 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  27.42 
 
 
295 aa  60.1  0.00000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1125  UDP-glucose 4-epimerase  26.26 
 
 
337 aa  60.1  0.00000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 
325 aa  60.1  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1601  UDP-glucose 4-epimerase  27.64 
 
 
337 aa  59.7  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383307  normal  0.0692735 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
325 aa  59.7  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
339 aa  59.7  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0228638  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3049  uridine diphosphate N-acetylgalactosamine 4-epimerase  29.5 
 
 
335 aa  59.7  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.200753  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  26.06 
 
 
337 aa  59.3  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
249 aa  59.3  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.62 
 
 
304 aa  59.3  0.00000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
350 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
358 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671749  normal  0.0420203 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
306 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  28.27 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
349 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
313 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>