More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6740 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
345 aa  688    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.93 
 
 
368 aa  420  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.87 
 
 
354 aa  414  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.58 
 
 
346 aa  399  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.51 
 
 
368 aa  394  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  61.44 
 
 
331 aa  387  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.8 
 
 
366 aa  385  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.09 
 
 
357 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.09 
 
 
357 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.09 
 
 
357 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  53.8 
 
 
376 aa  377  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.32 
 
 
341 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.15 
 
 
366 aa  347  1e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.37 
 
 
359 aa  344  1e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.13 
 
 
350 aa  340  2.9999999999999998e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.43 
 
 
402 aa  335  7e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.44 
 
 
358 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
358 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.57 
 
 
337 aa  298  7e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.7 
 
 
361 aa  261  1e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.04 
 
 
332 aa  249  5e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.04 
 
 
328 aa  249  6e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  37.42 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
349 aa  159  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4356  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
312 aa  156  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.773197 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
589 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
360 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
315 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
317 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
325 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.02 
 
 
321 aa  108  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0141564  hitchhiker  0.00538741 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
362 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  29.08 
 
 
357 aa  106  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
323 aa  102  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
312 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  0.0000148939 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 
388 aa  99  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
376 aa  96.3  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
312 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
355 aa  89.4  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
368 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
314 aa  87  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  23.36 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  26.28 
 
 
373 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.36 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
347 aa  75.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  29.89 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0036  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.82 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0174817 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0871  UDP-galactose-4-epimerase  29.89 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0903  UDP-galactose-4-epimerase  29.89 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0812  UDP-galactose-4-epimerase  29.89 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0840  UDP-galactose-4-epimerase  29.89 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  29.35 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.19 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.31 
 
 
319 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  28.26 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.52 
 
 
298 aa  70.1  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 
328 aa  69.3  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
330 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  23.77 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
310 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.61 
 
 
354 aa  65.5  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.27 
 
 
309 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12084  hypothetical protein  27.33 
 
 
854 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.620055  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
309 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  24.14 
 
 
307 aa  63.2  0.000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
327 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1537  UDP-glucose 4-epimerase  31.35 
 
 
339 aa  62.8  0.000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
324 aa  62  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
313 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1722  UDP-galactose 4-epimerase  27.57 
 
 
373 aa  61.6  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.202169  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
343 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 
501 aa  61.2  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  26.63 
 
 
339 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
305 aa  60.8  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3069  UDP-galactose-4-epimerase  27.42 
 
 
339 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
324 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
326 aa  60.1  0.00000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.579724  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
315 aa  60.1  0.00000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2824  UDP-galactose 4-epimerase  27.13 
 
 
351 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
349 aa  59.7  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
318 aa  59.3  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
314 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0954433  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
310 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1173  UDP-galactose-4-epimerase  26.63 
 
 
338 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
316 aa  58.9  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
305 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
317 aa  59.3  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>