More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_20130 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  100 
 
 
357 aa  702    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.67 
 
 
349 aa  256  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.15 
 
 
347 aa  248  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.15 
 
 
338 aa  248  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
466 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
466 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.45 
 
 
466 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.31 
 
 
347 aa  230  3e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4123  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
358 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.970471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
358 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0160562  normal  0.607841 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
358 aa  229  6e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.239778  normal  0.124525 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.59 
 
 
349 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.72 
 
 
354 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.55 
 
 
351 aa  222  6e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.37 
 
 
344 aa  219  7e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.59 
 
 
349 aa  214  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 
365 aa  211  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16640  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.32 
 
 
343 aa  211  1e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.83 
 
 
350 aa  210  4e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.89 
 
 
372 aa  207  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
358 aa  200  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671749  normal  0.0420203 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.7 
 
 
374 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.37 
 
 
332 aa  126  7e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
340 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.74 
 
 
328 aa  116  6e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
330 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  29.26 
 
 
318 aa  95.9  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
320 aa  95.9  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
589 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
305 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
318 aa  90.1  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.58 
 
 
331 aa  89.4  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
349 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
341 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
360 aa  87.8  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 
305 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.25 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
368 aa  80.1  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
312 aa  76.6  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
318 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 
358 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.4 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
325 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  0.0000148939 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
347 aa  70.5  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  28.27 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
337 aa  70.1  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  28.62 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12084  hypothetical protein  26.89 
 
 
854 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.620055  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
358 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4120  vitamin K epoxide reductase  24.93 
 
 
847 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 
402 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  32.9 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  30.41 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  26.93 
 
 
341 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.41 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
342 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
345 aa  66.2  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
347 aa  66.2  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
350 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
307 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  30.56 
 
 
345 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  26.85 
 
 
341 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  26.85 
 
 
341 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.44 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  29.63 
 
 
347 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  24.76 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
347 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
321 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
310 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  27.11 
 
 
333 aa  63.2  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
349 aa  63.2  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
366 aa  62.8  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
315 aa  62.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  27.47 
 
 
336 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.62 
 
 
331 aa  62  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  29.64 
 
 
332 aa  61.6  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
355 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0315  oxidoreductase domain-containing protein  29.34 
 
 
694 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596905  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  27.49 
 
 
329 aa  61.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.28 
 
 
331 aa  60.8  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2555  vitamin K epoxide reductase  25.29 
 
 
862 aa  60.8  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.8 
 
 
331 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25.99 
 
 
338 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
321 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>