More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4587 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
368 aa  722    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.93 
 
 
345 aa  420  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.78 
 
 
354 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.94 
 
 
346 aa  363  2e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  54.07 
 
 
376 aa  352  8e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
368 aa  351  1e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
357 aa  348  1e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
357 aa  348  1e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
357 aa  348  1e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.78 
 
 
359 aa  346  4e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.02 
 
 
366 aa  342  8e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.41 
 
 
341 aa  336  3.9999999999999995e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  52.32 
 
 
331 aa  323  3e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.28 
 
 
402 aa  320  3e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.4 
 
 
350 aa  286  2.9999999999999996e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.91 
 
 
358 aa  280  2e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.35 
 
 
337 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.59 
 
 
358 aa  271  9e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.06 
 
 
328 aa  248  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
361 aa  240  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.31 
 
 
332 aa  219  8.999999999999998e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  39.62 
 
 
335 aa  208  9e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4356  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
312 aa  157  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.773197 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
360 aa  149  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
305 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
315 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
317 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
589 aa  119  9e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
323 aa  114  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  29.81 
 
 
357 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
321 aa  109  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0141564  hitchhiker  0.00538741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
312 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  0.0000148939 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
325 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
312 aa  105  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
362 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
388 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
376 aa  97.1  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  25 
 
 
318 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
368 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
307 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.08 
 
 
357 aa  80.1  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
355 aa  79.3  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  27.99 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.89 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
328 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
328 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
332 aa  77  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
340 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  30.48 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  29.95 
 
 
338 aa  69.3  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  29.95 
 
 
338 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12084  hypothetical protein  25.62 
 
 
854 aa  66.6  0.0000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.620055  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0903  UDP-galactose-4-epimerase  29.95 
 
 
338 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0871  UDP-galactose-4-epimerase  29.95 
 
 
338 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0840  UDP-galactose-4-epimerase  29.41 
 
 
338 aa  66.2  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.85 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0812  UDP-galactose-4-epimerase  29.41 
 
 
338 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.54 
 
 
336 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2838  UDP-glucose 4-epimerase  31.22 
 
 
340 aa  62.4  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  31.44 
 
 
355 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.05 
 
 
324 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1601  UDP-glucose 4-epimerase  29.47 
 
 
337 aa  61.6  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383307  normal  0.0692735 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.2 
 
 
349 aa  61.2  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
351 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.54 
 
 
347 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
316 aa  60.8  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 
305 aa  60.8  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
329 aa  60.5  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.5 
 
 
327 aa  59.7  0.00000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
328 aa  59.7  0.00000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
501 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
347 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.14 
 
 
310 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
324 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.47 
 
 
298 aa  57  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.15 
 
 
353 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4812  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.38 
 
 
355 aa  56.6  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
310 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.62 
 
 
354 aa  56.2  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.98 
 
 
360 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  27.81 
 
 
339 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0468  UDP-glucose 4-epimerase  27.51 
 
 
338 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
314 aa  55.8  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1224  UDP-glucose 4-epimerase  23.66 
 
 
328 aa  55.5  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00236591  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>