More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3745 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3745  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.368149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1727  response regulator receiver  74.24 
 
 		 132 aa  201  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0248964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4830  response regulator receiver protein  37.4 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.071515 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0906  response regulator receiver protein  41.74 
 
 		 125 aa  87.4  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4683  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 120 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.409248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  40.83 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0093  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0143  response regulator receiver protein  40.8 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.363881  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  36 
 
 		 538 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3331  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.800922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  35 
 
 		 538 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  35 
 
 		 538 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  34.68 
 
 		 676 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4845  response regulator receiver  39.13 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  35.83 
 
 		 695 aa  66.6  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5313  response regulator receiver protein  38.6 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  35.54 
 
 		 534 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5391  response regulator receiver protein  36.29 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0861  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0503153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 		 1055 aa  65.1  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3017  RcsC  41.86 
 
 		 1083 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  34.19 
 
 		 695 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4331  response regulator receiver protein  37.96 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.095217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.28 
 
 		 227 aa  63.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 857 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  32.5 
 
 		 573 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  33.9 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 845 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  34.17 
 
 		 1086 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  33.6 
 
 		 676 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 1092 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  35.2 
 
 		 234 aa  61.2  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 548 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 239 aa  61.2  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  30.51 
 
 		 559 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  28.35 
 
 		 224 aa  60.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 999 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 588 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 589 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2437  chemotaxis response regulator, CheY1  33.33 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.365798  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 589 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2217  histidine kinase  33.06 
 
 		 396 aa  60.5  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0256212 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5319  response regulator receiver protein  33.86 
 
 		 137 aa  60.1  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0886883  normal  0.780288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 686 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  34.92 
 
 		 235 aa  60.1  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1101  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 122 aa  60.1  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.956043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 830 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  34.75 
 
 		 556 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 657 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.13 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  33.07 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  33.33 
 
 		 847 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 1381 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.45 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  29.13 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  37.29 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2613  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.031456 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 647 aa  59.3  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 556 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 922 aa  58.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 622 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 		 743 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 1086 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  38.89 
 
 		 1084 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2334  response regulator receiver  34.19 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0685092  normal  0.85818 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.06 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1793  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.78 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 998 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0123  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 1022 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 470 aa  58.2  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3461  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.43 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 		 1436 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.78 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  30.6 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.78 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 1089 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  28.35 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.13 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 460 aa  57.8  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0996419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 		 1436 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  31.86 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3355  two component Fis family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1777  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  34.19 
 
 		 230 aa  57.8  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.59 
 
 		 236 aa  57.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 556 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07910  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.59 
 
 		 239 aa  57.8  0.00000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  31.5 
 
 		 754 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 858 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>