91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2984 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  88.18 
 
 		 441 aa  756    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  99.32 
 
 		 441 aa  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  85.99 
 
 		 441 aa  710    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  88.25 
 
 		 443 aa  749    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 		 441 aa  904    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  67.36 
 
 		 447 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  66.28 
 
 		 455 aa  565  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  65 
 
 		 444 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  59.81 
 
 		 444 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  59.56 
 
 		 444 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  60.05 
 
 		 444 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  56.11 
 
 		 446 aa  520  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  56.17 
 
 		 449 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  56.9 
 
 		 446 aa  501  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  57.18 
 
 		 454 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  55.97 
 
 		 429 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  55.63 
 
 		 457 aa  501  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  57.14 
 
 		 457 aa  501  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  55.88 
 
 		 446 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  55.4 
 
 		 466 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.24 
 
 		 440 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.17 
 
 		 445 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.95 
 
 		 445 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.16 
 
 		 441 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  52.06 
 
 		 442 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  49.16 
 
 		 441 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  47.24 
 
 		 442 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  45.15 
 
 		 443 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  44.79 
 
 		 440 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  45.35 
 
 		 437 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  44.02 
 
 		 444 aa  364  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  44.01 
 
 		 443 aa  361  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.18 
 
 		 441 aa  354  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  42.95 
 
 		 441 aa  352  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  44.15 
 
 		 438 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  43.61 
 
 		 440 aa  342  5e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.23 
 
 		 429 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.98 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.98 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 426 aa  333  4e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  42.4 
 
 		 426 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  41.9 
 
 		 427 aa  318  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  39.95 
 
 		 450 aa  299  8e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.5 
 
 		 438 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.54 
 
 		 418 aa  192  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.06 
 
 		 444 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 394 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 389 aa  76.3  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  21.39 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.82 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.8 
 
 		 410 aa  70.5  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.07 
 
 		 420 aa  70.1  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  21.62 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.45 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.19 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  24.23 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.7 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  21.91 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.72 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.5 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  24.1 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.72 
 
 		 438 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  20.98 
 
 		 414 aa  57  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.12 
 
 		 415 aa  55.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.25 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.52 
 
 		 414 aa  53.5  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.26 
 
 		 378 aa  53.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.63 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  24.44 
 
 		 426 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  21.91 
 
 		 419 aa  49.7  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.72 
 
 		 409 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 394 aa  45.8  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  20.87 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  21.7 
 
 		 438 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  22.89 
 
 		 381 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  20.86 
 
 		 411 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 376 aa  44.7  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 		 402 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.03 
 
 		 404 aa  43.5  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  21.9 
 
 		 411 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  21.12 
 
 		 411 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>