154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0446 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
235 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  91.91 
 
 
235 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  90.64 
 
 
235 aa  427  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  90.64 
 
 
235 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80 
 
 
235 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.19 
 
 
235 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.62 
 
 
235 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.31 
 
 
236 aa  347  7e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  76.17 
 
 
235 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  76.6 
 
 
235 aa  335  5e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.77 
 
 
235 aa  301  8.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.6 
 
 
239 aa  260  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.69 
 
 
236 aa  226  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
245 aa  206  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.46 
 
 
239 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.22 
 
 
234 aa  191  7e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.8 
 
 
237 aa  185  6e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.52 
 
 
251 aa  185  7e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.16 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.6 
 
 
242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.73 
 
 
247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.32 
 
 
247 aa  176  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.98 
 
 
252 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  39.22 
 
 
248 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.67 
 
 
249 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  35.74 
 
 
260 aa  128  8.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.6 
 
 
278 aa  103  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  31.62 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  33.33 
 
 
333 aa  85.1  8e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  32.13 
 
 
232 aa  72.8  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  29.83 
 
 
254 aa  62.8  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
244 aa  63.2  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.79 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.82 
 
 
234 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  27.16 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.73 
 
 
244 aa  60.5  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.75 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.84 
 
 
244 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.49 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.42 
 
 
248 aa  55.8  0.0000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.9 
 
 
252 aa  55.8  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  29.91 
 
 
232 aa  55.1  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.96 
 
 
245 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
246 aa  53.9  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.41 
 
 
243 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  28.23 
 
 
259 aa  54.3  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.26 
 
 
250 aa  53.5  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
244 aa  53.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.35 
 
 
238 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.37 
 
 
230 aa  53.1  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  25.7 
 
 
253 aa  52.8  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.68 
 
 
250 aa  52.4  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.27 
 
 
244 aa  51.6  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.73 
 
 
242 aa  50.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.25 
 
 
244 aa  50.1  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.53 
 
 
244 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  24.58 
 
 
247 aa  49.7  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
257 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.73 
 
 
239 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.79 
 
 
246 aa  49.3  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  25.79 
 
 
241 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  25.11 
 
 
235 aa  48.9  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  24.89 
 
 
239 aa  48.9  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  25 
 
 
239 aa  48.9  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.07 
 
 
235 aa  48.9  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1497  protein of unknown function DUF558  23.33 
 
 
236 aa  48.9  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  20.41 
 
 
236 aa  48.9  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.25 
 
 
244 aa  48.9  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.52 
 
 
258 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.11 
 
 
249 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.81 
 
 
245 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.26 
 
 
245 aa  47.4  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.24 
 
 
255 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0625  protein of unknown function DUF558  31.45 
 
 
239 aa  46.6  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  22.59 
 
 
251 aa  46.6  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  41.27 
 
 
235 aa  47  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0103  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.72 
 
 
232 aa  46.6  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0642611  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  27.03 
 
 
245 aa  46.2  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.85 
 
 
257 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24 
 
 
244 aa  46.2  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.44 
 
 
263 aa  46.2  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
240 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.49 
 
 
247 aa  45.8  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  46.94 
 
 
246 aa  46.2  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  25.85 
 
 
246 aa  45.8  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  26.02 
 
 
248 aa  45.4  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1572  hypothetical protein  42.37 
 
 
227 aa  45.4  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000828981  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  25.89 
 
 
251 aa  45.4  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  24.89 
 
 
245 aa  45.4  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.02 
 
 
248 aa  45.1  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  54.17 
 
 
245 aa  44.7  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.66 
 
 
240 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.5 
 
 
249 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.06 
 
 
258 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>