More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2386 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  97.23 
 
 		 292 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  96.54 
 
 		 292 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  92.47 
 
 		 292 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  57.44 
 
 		 303 aa  345  7e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 298 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  51.04 
 
 		 288 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  48.96 
 
 		 288 aa  295  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  46.64 
 
 		 289 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  45.61 
 
 		 289 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  158  8e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  32.2 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 281 aa  155  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  32.07 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  32.75 
 
 		 290 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 343 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  32.67 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  26.37 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  26.37 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.37 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  31.2 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 291 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.16 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.49 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.49 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.49 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.49 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.49 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 271 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  28.08 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.41 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 292 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  22 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  36.77 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 280 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  21.22 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  25.77 
 
 		 276 aa  87  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 281 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>