More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2246 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  90.86 
 
 		 197 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  87.69 
 
 		 201 aa  356  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  86.67 
 
 		 209 aa  353  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  61.5 
 
 		 218 aa  252  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  54.89 
 
 		 198 aa  219  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 220 aa  219  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 213 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 200 aa  212  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  54.36 
 
 		 212 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  50.54 
 
 		 215 aa  191  8e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  47.85 
 
 		 227 aa  184  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  47.85 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  47.92 
 
 		 219 aa  180  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 234 aa  179  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  48.35 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 219 aa  178  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 222 aa  165  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  44.51 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  42.35 
 
 		 233 aa  160  8.000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  39.67 
 
 		 217 aa  154  8e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  40.22 
 
 		 225 aa  154  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  40.93 
 
 		 215 aa  152  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  39.67 
 
 		 232 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  38.59 
 
 		 201 aa  148  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  38.59 
 
 		 201 aa  148  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  38.59 
 
 		 201 aa  145  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  34.9 
 
 		 198 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 190 aa  118  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 187 aa  115  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 187 aa  114  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 173 aa  111  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 190 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 190 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 173 aa  108  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  38.27 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  36.69 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.28 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  26.74 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.19 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  34.34 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 197 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  27.46 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.56 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  28.35 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  27.49 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 199 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  25.61 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  26.09 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  25.47 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  25.47 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 195 aa  64.7  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>