More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1325 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 203 aa  412  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 201 aa  268  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 202 aa  237  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 202 aa  237  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 202 aa  235  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 202 aa  235  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 202 aa  235  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 202 aa  234  7e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 202 aa  218  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 202 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  50.26 
 
 		 202 aa  210  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 200 aa  209  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  52.26 
 
 		 202 aa  207  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 212 aa  202  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  55.44 
 
 		 202 aa  201  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 202 aa  201  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 199 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  43.5 
 
 		 202 aa  184  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 212 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 201 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 201 aa  151  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 139 aa  150  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 236 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 199 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  37.28 
 
 		 186 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 213 aa  106  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 197 aa  91.3  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  22.84 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 200 aa  72  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 197 aa  72  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  31.37 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  22.29 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0111  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00780937  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  19.79 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  22.52 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6449  nucleoid occlusion protein  24.51 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.695285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  23.75 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  23.75 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  23.75 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  23.75 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4251  nucleoid occlusion protein  22.22 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3600  nucleoid occlusion protein  22.22 
 
 		 197 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.741133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0356  nucleoid occlusion protein  22.22 
 
 		 197 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0459  nucleoid occlusion protein  20.5 
 
 		 197 aa  62  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126678  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  22.63 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2484  nucleoid occlusion protein  24.51 
 
 		 220 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.11022  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3098  nucleoid occlusion protein  24.51 
 
 		 220 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.170288  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3114  nucleoid occlusion protein  24.51 
 
 		 221 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  22.22 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0182  nucleoid occlusion protein  21.52 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847466  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  23.86 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  29.89 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0324  nucleoid occlusion protein  23.39 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3145  nucleoid occlusion protein  27.38 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.909533  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3007  nucleoid occlusion protein  22.67 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  27.27 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  24.81 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  21.09 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  26.44 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  18.59 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0044  nucleoid occlusion protein  22.45 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00442405  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0062  nucleoid occlusion protein  25.17 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  21.52 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0142  nucleoid occlusion protein  20.25 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4564  nucleoid occlusion protein  21.88 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000269162  unclonable  0.0000000294752 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  20.47 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0031  nucleoid occlusion protein  21.38 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2985  nucleoid occlusion protein  23.81 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111899  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3831  nucleoid occlusion protein  19.05 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3840  nucleoid occlusion protein  21.88 
 
 		 197 aa  53.5  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00664895  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3094  nucleoid occlusion protein  20.48 
 
 		 221 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.483047 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3127  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 187 aa  52.8  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4158  nucleoid occlusion protein  27.78 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000407134  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0052  nucleoid occlusion protein  27.78 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.881528  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  21.24 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0382  nucleoid occlusion protein  23.75 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135011  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0058  nucleoid occlusion protein  27.78 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00579463  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3719  nucleoid occlusion protein  20.25 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0941  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  24.48 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2329  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 186 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143879 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3396  nucleoid occlusion protein  20.25 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0155  nucleoid occlusion protein  27.78 
 
 		 198 aa  52  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.894699  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4845  nucleoid occlusion protein  28.28 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0111456  decreased coverage  0.000000677674 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4103  nucleoid occlusion protein  27.78 
 
 		 198 aa  51.6  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0313607  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3963  nucleoid occlusion protein  27.78 
 
 		 198 aa  51.6  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000172432  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>