More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1716 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
188 aa  387  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  92.02 
 
 
188 aa  363  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  81.38 
 
 
188 aa  320  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  79.26 
 
 
188 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  75.13 
 
 
189 aa  300  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  76.84 
 
 
237 aa  293  8e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  73.54 
 
 
188 aa  291  5e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  73.54 
 
 
188 aa  291  5e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  72.87 
 
 
189 aa  283  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  70.21 
 
 
188 aa  278  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  66.13 
 
 
188 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  65.97 
 
 
188 aa  256  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
188 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
188 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
188 aa  251  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  65.43 
 
 
188 aa  249  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  63.3 
 
 
187 aa  246  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
187 aa  246  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
187 aa  246  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  62.3 
 
 
187 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  62.3 
 
 
187 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  62.3 
 
 
187 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  245  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  245  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
187 aa  244  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
187 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
186 aa  241  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
211 aa  239  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
211 aa  239  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
186 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
186 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
186 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
186 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
186 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  61.17 
 
 
192 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.59 
 
 
189 aa  224  6e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  53.23 
 
 
196 aa  203  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  55.03 
 
 
169 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  42.55 
 
 
181 aa  144  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.28 
 
 
144 aa  132  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  42.29 
 
 
186 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  41.67 
 
 
194 aa  131  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  38.59 
 
 
188 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  38.73 
 
 
189 aa  102  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  37.78 
 
 
194 aa  99.8  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.13 
 
 
167 aa  68.6  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.51 
 
 
239 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.14 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  31.79 
 
 
185 aa  63.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.42 
 
 
174 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.26 
 
 
167 aa  63.2  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.6 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
175 aa  62  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  25.95 
 
 
183 aa  62.4  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.84 
 
 
171 aa  61.6  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.03 
 
 
168 aa  61.6  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.9 
 
 
166 aa  61.6  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  25.28 
 
 
188 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.13 
 
 
169 aa  60.5  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 
167 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
170 aa  59.7  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.64 
 
 
176 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.26 
 
 
222 aa  59.3  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3855  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 
172 aa  58.9  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
175 aa  58.9  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6700  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.37 
 
 
165 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.500111 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.94 
 
 
166 aa  58.2  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  33.08 
 
 
239 aa  57.8  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.28 
 
 
219 aa  57.8  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
185 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3046  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.48 
 
 
166 aa  57.8  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.128399  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.1 
 
 
199 aa  57  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  49.02 
 
 
201 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
199 aa  56.6  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.347473  normal  0.725536 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  44.07 
 
 
219 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.03 
 
 
175 aa  55.8  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  41.27 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3554  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.17 
 
 
191 aa  55.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.642665 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  35.16 
 
 
198 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.6 
 
 
171 aa  55.5  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.44 
 
 
187 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.440757  normal  0.202243 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.62 
 
 
170 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
192 aa  55.1  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0790  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.4 
 
 
163 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  27.15 
 
 
167 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.9 
 
 
165 aa  54.7  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  29.75 
 
 
226 aa  54.7  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.06 
 
 
202 aa  54.3  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.17 
 
 
181 aa  54.3  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0706  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.56 
 
 
189 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.727205  normal  0.0985674 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2090  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.01 
 
 
189 aa  54.3  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.72 
 
 
194 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
183 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.99 
 
 
203 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  41.94 
 
 
175 aa  53.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>