142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4258 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  61.85 
 
 		 748 aa  902    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  63.77 
 
 		 748 aa  925    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  59.57 
 
 		 741 aa  877    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  59.71 
 
 		 741 aa  880    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  59.15 
 
 		 740 aa  882    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  64.05 
 
 		 750 aa  934    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  62.82 
 
 		 747 aa  930    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  100 
 
 		 741 aa  1474    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  61.72 
 
 		 748 aa  900    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  63.5 
 
 		 750 aa  929    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  61.85 
 
 		 748 aa  903    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  29.88 
 
 		 789 aa  282  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  28.51 
 
 		 741 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  30.33 
 
 		 712 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  29.59 
 
 		 699 aa  254  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  25.17 
 
 		 745 aa  248  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  25.95 
 
 		 812 aa  223  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  28.95 
 
 		 742 aa  221  3e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  27.59 
 
 		 682 aa  194  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  25.04 
 
 		 732 aa  181  4.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  25.74 
 
 		 794 aa  178  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  28.87 
 
 		 797 aa  176  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  25.73 
 
 		 711 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  24.6 
 
 		 703 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  21.61 
 
 		 695 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  25.53 
 
 		 611 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  23.24 
 
 		 725 aa  117  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  26.77 
 
 		 606 aa  114  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  21.41 
 
 		 695 aa  114  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  26.57 
 
 		 502 aa  113  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  25.62 
 
 		 606 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  26.32 
 
 		 508 aa  111  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  25.94 
 
 		 614 aa  111  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  23.44 
 
 		 701 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  24.67 
 
 		 893 aa  109  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  25.19 
 
 		 606 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  23.13 
 
 		 677 aa  105  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  25.97 
 
 		 606 aa  104  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  27.38 
 
 		 612 aa  104  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  25.67 
 
 		 607 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  26.54 
 
 		 606 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  25.32 
 
 		 606 aa  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  26.67 
 
 		 607 aa  101  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  25.07 
 
 		 607 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  25.07 
 
 		 607 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  26.45 
 
 		 608 aa  98.2  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  21.16 
 
 		 762 aa  97.8  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  23.71 
 
 		 704 aa  97.8  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  30.14 
 
 		 696 aa  97.1  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1428  hypothetical protein  21.05 
 
 		 711 aa  95.9  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  27.31 
 
 		 604 aa  94.4  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  21.62 
 
 		 656 aa  91.7  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  31.25 
 
 		 826 aa  90.1  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  21.27 
 
 		 643 aa  88.2  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  19.84 
 
 		 719 aa  86.3  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  23.69 
 
 		 611 aa  83.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  25.41 
 
 		 709 aa  81.3  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  24.01 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  21.88 
 
 		 645 aa  79.7  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  24.26 
 
 		 618 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  24.21 
 
 		 618 aa  76.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  23.18 
 
 		 618 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  23.74 
 
 		 618 aa  76.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  23.46 
 
 		 618 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  20.75 
 
 		 617 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  20.75 
 
 		 617 aa  73.9  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  20.75 
 
 		 617 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  29.3 
 
 		 640 aa  73.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1745  hypothetical protein  25.87 
 
 		 482 aa  72.4  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  20.49 
 
 		 617 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.352254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  20.49 
 
 		 617 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  20.49 
 
 		 617 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  20.49 
 
 		 617 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  20.49 
 
 		 617 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0077  AsmA  25.45 
 
 		 506 aa  71.6  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  22.09 
 
 		 649 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  20.75 
 
 		 617 aa  67.8  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  21.39 
 
 		 648 aa  65.1  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0212  hypothetical protein  23.91 
 
 		 1217 aa  64.7  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0447715 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  21.55 
 
 		 649 aa  65.1  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  26.06 
 
 		 609 aa  65.1  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1659  AsmA family protein  20.99 
 
 		 1191 aa  62.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.242862 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0854  AsmA family protein  24.75 
 
 		 715 aa  63.2  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000187162  hitchhiker  0.00000372454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  22.57 
 
 		 654 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  24.04 
 
 		 655 aa  60.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  22.65 
 
 		 1013 aa  59.3  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  25.1 
 
 		 602 aa  57.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  26.07 
 
 		 615 aa  57.8  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  20.37 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  20.37 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  20.37 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4914  AsmA family protein  22.45 
 
 		 688 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000550525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  25.57 
 
 		 655 aa  57.4  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  24.43 
 
 		 649 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0931  hypothetical protein  23.28 
 
 		 513 aa  55.8  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4449  AsmA  22.32 
 
 		 688 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1865  AsmA family protein  29.15 
 
 		 832 aa  55.5  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0704419  normal  0.0719659 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0961  hypothetical protein  22.9 
 
 		 513 aa  54.3  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1682  hypothetical protein  23.55 
 
 		 1095 aa  54.7  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.175691  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4735  AsmA family protein  22.66 
 
 		 688 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197359 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>