112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5162 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  100 
 
 		 602 aa  1170    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  58.38 
 
 		 655 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  57.52 
 
 		 649 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  45.66 
 
 		 640 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  46.66 
 
 		 705 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  45.12 
 
 		 649 aa  458  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  30.66 
 
 		 599 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  33.23 
 
 		 677 aa  173  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  34.49 
 
 		 1013 aa  166  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  32.23 
 
 		 611 aa  153  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  33.7 
 
 		 709 aa  135  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  24.41 
 
 		 645 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  28.61 
 
 		 893 aa  124  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  24.22 
 
 		 649 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  26.32 
 
 		 655 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  25.12 
 
 		 654 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  31.1 
 
 		 675 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  23.43 
 
 		 643 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  24.71 
 
 		 604 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  28.88 
 
 		 712 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  24.34 
 
 		 648 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  24.29 
 
 		 656 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  28.07 
 
 		 699 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  22.08 
 
 		 607 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  28.3 
 
 		 660 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  28.3 
 
 		 660 aa  105  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  22.64 
 
 		 606 aa  104  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  25.23 
 
 		 719 aa  103  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  22.51 
 
 		 607 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  29.66 
 
 		 656 aa  98.6  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  22.15 
 
 		 607 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  27.05 
 
 		 797 aa  97.8  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  23.26 
 
 		 608 aa  97.4  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  26.84 
 
 		 812 aa  96.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  22.58 
 
 		 606 aa  96.3  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  24.69 
 
 		 703 aa  95.5  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  26.34 
 
 		 614 aa  95.1  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  29.21 
 
 		 826 aa  95.1  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  23 
 
 		 612 aa  94.4  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  23.63 
 
 		 606 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  23.63 
 
 		 606 aa  93.6  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  22.24 
 
 		 607 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  28.66 
 
 		 682 aa  90.9  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  23.28 
 
 		 606 aa  90.9  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  31.1 
 
 		 742 aa  90.1  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3762  AsmA family protein  24.21 
 
 		 654 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  23.99 
 
 		 695 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  22.63 
 
 		 695 aa  85.1  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  20.93 
 
 		 606 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  24.91 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  25.95 
 
 		 611 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  24.43 
 
 		 646 aa  79.3  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  18.77 
 
 		 611 aa  78.6  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  27.35 
 
 		 732 aa  74.3  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  21.08 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  21.08 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  21.08 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  21.08 
 
 		 617 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.352254 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  20.9 
 
 		 617 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  25.37 
 
 		 640 aa  68.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  27.13 
 
 		 696 aa  69.3  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  20.9 
 
 		 617 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  20.9 
 
 		 617 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  20.9 
 
 		 617 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  26.95 
 
 		 725 aa  68.2  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  20.9 
 
 		 617 aa  68.6  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  20.83 
 
 		 615 aa  65.1  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  23.19 
 
 		 745 aa  63.9  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2547  hypothetical protein  26.32 
 
 		 1234 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00977627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  20.98 
 
 		 611 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2806  hypothetical protein  26.19 
 
 		 1238 aa  62.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  23.81 
 
 		 762 aa  60.5  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  21.32 
 
 		 611 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  27.78 
 
 		 750 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  27.19 
 
 		 670 aa  59.3  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  23.77 
 
 		 508 aa  59.3  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  24.42 
 
 		 748 aa  59.7  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  23.57 
 
 		 502 aa  58.9  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  23.74 
 
 		 741 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  23.16 
 
 		 741 aa  58.2  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  21.96 
 
 		 740 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  22.91 
 
 		 794 aa  56.6  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  25.21 
 
 		 664 aa  55.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  26.85 
 
 		 750 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  23.68 
 
 		 618 aa  55.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  23.68 
 
 		 618 aa  55.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  23.68 
 
 		 618 aa  55.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5002  AsmA family protein  27.24 
 
 		 610 aa  54.3  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00600572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  23.74 
 
 		 741 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  22.83 
 
 		 748 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2054  AsmA  26.52 
 
 		 878 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.588924  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  23.35 
 
 		 741 aa  52  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  22.9 
 
 		 649 aa  52.4  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2769  AsmA family protein  26.64 
 
 		 587 aa  51.6  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.961536  normal  0.388317 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  24.89 
 
 		 701 aa  51.6  0.00005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0379  AsmA family protein  24.08 
 
 		 630 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0432846  hitchhiker  0.00179462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0411  AsmA family protein  24.13 
 
 		 630 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0513288  hitchhiker  0.0000211549 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  25.31 
 
 		 789 aa  51.2  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  22.54 
 
 		 748 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  23.48 
 
 		 632 aa  50.4  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>