146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2229 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  46.93 
 
 
695 aa  645    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  100 
 
 
719 aa  1436    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  47.34 
 
 
695 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  44.88 
 
 
703 aa  615  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  30.12 
 
 
606 aa  289  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  30.31 
 
 
612 aa  289  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  30.12 
 
 
606 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  29.39 
 
 
606 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  29.52 
 
 
606 aa  283  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  30.07 
 
 
606 aa  280  7e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  28.74 
 
 
614 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  26.47 
 
 
699 aa  253  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  25.11 
 
 
742 aa  247  4e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  26.72 
 
 
712 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  33.1 
 
 
608 aa  229  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  32.79 
 
 
607 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  33.02 
 
 
607 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  33.02 
 
 
607 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  31.52 
 
 
611 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  32.33 
 
 
607 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  24.2 
 
 
732 aa  212  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  34.77 
 
 
614 aa  206  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  30.52 
 
 
606 aa  204  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  31.74 
 
 
604 aa  189  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  23.59 
 
 
696 aa  179  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  27.82 
 
 
893 aa  174  5e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  28.53 
 
 
812 aa  174  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  23.31 
 
 
682 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  26.94 
 
 
640 aa  149  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  28.38 
 
 
797 aa  147  9e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  23.87 
 
 
677 aa  135  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  22.18 
 
 
725 aa  131  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  27.49 
 
 
649 aa  126  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  23.67 
 
 
741 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  23.58 
 
 
740 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  22.8 
 
 
748 aa  121  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  20.78 
 
 
762 aa  120  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  24.39 
 
 
640 aa  119  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  27.3 
 
 
709 aa  117  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  21.63 
 
 
711 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  22.8 
 
 
741 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  22.77 
 
 
741 aa  114  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  21.54 
 
 
745 aa  114  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  22.59 
 
 
750 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  21.46 
 
 
617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  21.72 
 
 
617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.352254 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  28.86 
 
 
1013 aa  112  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0536968 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  21.46 
 
 
617 aa  111  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  21.46 
 
 
617 aa  111  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  21.46 
 
 
617 aa  111  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  22.69 
 
 
611 aa  111  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  21.21 
 
 
617 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  23.44 
 
 
750 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  24.5 
 
 
705 aa  109  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.748944 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  20.96 
 
 
617 aa  107  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  20.96 
 
 
617 aa  107  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  23.74 
 
 
615 aa  107  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  21.66 
 
 
617 aa  106  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  24.62 
 
 
655 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  21.46 
 
 
748 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  34.66 
 
 
826 aa  104  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  24.47 
 
 
794 aa  103  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  25.15 
 
 
602 aa  103  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  21.36 
 
 
748 aa  102  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  22.83 
 
 
747 aa  101  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  25 
 
 
649 aa  100  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  21.03 
 
 
748 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  23.58 
 
 
789 aa  92.4  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  19.44 
 
 
618 aa  90.5  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  19.49 
 
 
618 aa  89.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  19.49 
 
 
618 aa  89.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  19.44 
 
 
618 aa  89.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  19.18 
 
 
618 aa  89  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  19.81 
 
 
741 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  21.32 
 
 
611 aa  83.2  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  28.47 
 
 
618 aa  83.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  28.47 
 
 
618 aa  83.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  28.47 
 
 
618 aa  83.6  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  23.08 
 
 
611 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  21.72 
 
 
611 aa  82  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  22.3 
 
 
675 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  28.43 
 
 
508 aa  81.6  0.00000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  28.43 
 
 
502 aa  81.3  0.00000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  22.71 
 
 
599 aa  80.9  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  22.05 
 
 
660 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  22.05 
 
 
660 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  19.91 
 
 
704 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  27.83 
 
 
604 aa  77.4  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1199  putative assembly protein  34.51 
 
 
599 aa  75.5  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  22.02 
 
 
646 aa  68.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  22.68 
 
 
645 aa  66.6  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1745  hypothetical protein  26.96 
 
 
482 aa  66.6  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  27.5 
 
 
609 aa  65.1  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  23.45 
 
 
654 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  24.14 
 
 
655 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  21.58 
 
 
643 aa  60.8  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  25.41 
 
 
632 aa  60.1  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  20.99 
 
 
656 aa  60.5  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2321  putative transmembrane protein, AsmA-like  28.15 
 
 
839 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.704699 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1137  AsmA family protein  32.38 
 
 
265 aa  59.3  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0909358 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>