127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1433 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  63.62 
 
 		 656 aa  813    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  88.45 
 
 		 654 aa  1091    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  73.33 
 
 		 649 aa  888    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  100 
 
 		 655 aa  1296    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  68.32 
 
 		 643 aa  872    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  65.64 
 
 		 645 aa  821    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  80.83 
 
 		 648 aa  1000    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3762  AsmA family protein  32.26 
 
 		 654 aa  292  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3365  AsmA family protein  26.77 
 
 		 655 aa  208  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.590521 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  26.5 
 
 		 709 aa  162  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  23.16 
 
 		 677 aa  162  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3300  AsmA family protein  25 
 
 		 642 aa  154  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3042  AsmA family protein  26.69 
 
 		 634 aa  154  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.659116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1552  AsmA family protein  22.95 
 
 		 645 aa  150  9e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1608  AsmA family protein  22.62 
 
 		 645 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0438435  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3924  AsmA family protein  23.16 
 
 		 649 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3144  AsmA family protein  28.09 
 
 		 632 aa  137  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524402  normal  0.468603 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  25.62 
 
 		 660 aa  134  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5002  AsmA family protein  27.87 
 
 		 610 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00600572 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  24.89 
 
 		 660 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2918  AsmA family protein  28.09 
 
 		 632 aa  131  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0271811  normal  0.516066 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0167  AsmA  22.81 
 
 		 603 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0411  AsmA family protein  24.1 
 
 		 630 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0513288  hitchhiker  0.0000211549 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0379  AsmA family protein  24.13 
 
 		 630 aa  127  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0432846  hitchhiker  0.00179462 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  24.31 
 
 		 649 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  26.16 
 
 		 602 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  23.88 
 
 		 675 aa  124  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  22.76 
 
 		 695 aa  119  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  25.31 
 
 		 705 aa  103  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  22.94 
 
 		 646 aa  103  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  28.4 
 
 		 655 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0314  AsmA family protein  25.22 
 
 		 608 aa  97.4  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.39732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  22.21 
 
 		 701 aa  95.9  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  23.86 
 
 		 604 aa  94  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0298  AsmA family protein  20.37 
 
 		 626 aa  91.7  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  24.78 
 
 		 699 aa  89.4  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  26.38 
 
 		 640 aa  87.8  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  22.22 
 
 		 649 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6363  AsmA family protein  24.06 
 
 		 611 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188409  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  21.09 
 
 		 703 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5855  AsmA family protein  25.3 
 
 		 580 aa  82  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  20.96 
 
 		 656 aa  79.3  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  23.37 
 
 		 695 aa  77.8  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  24.8 
 
 		 612 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  21.56 
 
 		 614 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  22.91 
 
 		 1013 aa  70.5  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0826  AsmA family protein  21.44 
 
 		 651 aa  69.3  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  29.72 
 
 		 893 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  25.48 
 
 		 740 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  25.55 
 
 		 732 aa  66.2  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  24.31 
 
 		 608 aa  66.2  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  21.51 
 
 		 741 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  30.1 
 
 		 682 aa  64.3  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  29.46 
 
 		 797 aa  63.9  0.000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  24.14 
 
 		 719 aa  63.5  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  25.43 
 
 		 826 aa  63.2  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  23.14 
 
 		 607 aa  62.4  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  23.14 
 
 		 607 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  23.14 
 
 		 607 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  22.61 
 
 		 747 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1682  hypothetical protein  30 
 
 		 1095 aa  61.6  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.175691  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  22.44 
 
 		 502 aa  60.5  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  24.7 
 
 		 741 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  25.44 
 
 		 812 aa  60.5  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  27.69 
 
 		 742 aa  60.1  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1421  AsmA family protein  25.96 
 
 		 1331 aa  60.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.492476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  22.44 
 
 		 508 aa  60.1  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2209  AsmA  22.31 
 
 		 1077 aa  59.7  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  20.67 
 
 		 614 aa  59.7  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2030  hypothetical protein  24.11 
 
 		 1246 aa  58.9  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0479736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  28.81 
 
 		 611 aa  58.2  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  23.21 
 
 		 712 aa  57.8  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  21.68 
 
 		 640 aa  57.8  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  26.21 
 
 		 599 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  22.35 
 
 		 606 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  23.05 
 
 		 611 aa  56.2  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  22.35 
 
 		 606 aa  55.5  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0596  AsmA family protein  26.34 
 
 		 1186 aa  55.5  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.233427 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  22.62 
 
 		 762 aa  55.1  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  22.35 
 
 		 606 aa  55.1  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  22.35 
 
 		 606 aa  55.1  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  23.98 
 
 		 607 aa  54.7  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  24.72 
 
 		 609 aa  53.1  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  23.21 
 
 		 741 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  19.51 
 
 		 606 aa  52.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0491  AsmA family protein  26.67 
 
 		 818 aa  53.1  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487855 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  28.28 
 
 		 789 aa  52  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  24.53 
 
 		 794 aa  52  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  28.95 
 
 		 696 aa  52  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  22.89 
 
 		 606 aa  52  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  21.98 
 
 		 604 aa  52  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1984  AsmA  24.35 
 
 		 1273 aa  52  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.697769  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1769  AsmA family protein  20.69 
 
 		 1278 aa  51.6  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1408  hypothetical protein  22.16 
 
 		 1247 aa  49.7  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  23.43 
 
 		 617 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  23.43 
 
 		 617 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  20.28 
 
 		 615 aa  48.9  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  23.43 
 
 		 617 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  23.43 
 
 		 617 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  23.43 
 
 		 617 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>