More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2724 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  585  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  87.59 
 
 		 306 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 297 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  85.86 
 
 		 294 aa  504  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  85.42 
 
 		 290 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  86.46 
 
 		 297 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  85.42 
 
 		 290 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  86.46 
 
 		 292 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  85.76 
 
 		 292 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  84.72 
 
 		 292 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  85.07 
 
 		 292 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  64.83 
 
 		 296 aa  368  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  57.68 
 
 		 321 aa  336  2.9999999999999997e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 293 aa  290  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  53.68 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 295 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 290 aa  227  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 290 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.95 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 320 aa  132  7.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  30.3 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.67 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  129  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  31.83 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.8 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.69 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 300 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30.45 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.1 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  125  9e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.1 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  122  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.12 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>